More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2182 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
248 aa  502  1e-141  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.87 
 
 
247 aa  290  2e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.66 
 
 
247 aa  274  8e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.63 
 
 
247 aa  268  5.9999999999999995e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
245 aa  246  2e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.61 
 
 
248 aa  246  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 
248 aa  217  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  38.89 
 
 
239 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  32.11 
 
 
235 aa  121  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
263 aa  115  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  31.09 
 
 
234 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.36 
 
 
246 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
244 aa  112  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
243 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.34 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
235 aa  109  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.66 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.39 
 
 
244 aa  108  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  35.21 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  32.17 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.71 
 
 
239 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
258 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 
246 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.62 
 
 
251 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.04 
 
 
248 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.02 
 
 
239 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
241 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  31.49 
 
 
245 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  27.48 
 
 
243 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.63 
 
 
249 aa  105  7e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.84 
 
 
245 aa  105  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.95 
 
 
249 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.68 
 
 
244 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  29.86 
 
 
245 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.03 
 
 
242 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.04 
 
 
244 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  30.51 
 
 
235 aa  103  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.08 
 
 
246 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.05 
 
 
244 aa  102  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.36 
 
 
244 aa  102  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
244 aa  102  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.98 
 
 
243 aa  101  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 
257 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.74 
 
 
255 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.93 
 
 
253 aa  100  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.96 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.64 
 
 
235 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32.19 
 
 
251 aa  100  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  34.36 
 
 
240 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  29.73 
 
 
232 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.06 
 
 
243 aa  100  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  31.74 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
242 aa  99.8  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
244 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
251 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.34 
 
 
239 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.9 
 
 
260 aa  99.4  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.22 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.83 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
239 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  30.86 
 
 
241 aa  99  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.9 
 
 
245 aa  98.6  8e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
246 aa  98.6  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
243 aa  98.6  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  28.69 
 
 
248 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  32.88 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.63 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.68 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.31 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.26 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.74 
 
 
234 aa  97.1  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.32 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.29 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  31 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
255 aa  95.9  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.89 
 
 
255 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  31 
 
 
239 aa  95.9  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.46 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  31.2 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.6 
 
 
243 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.89 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.6 
 
 
243 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.89 
 
 
255 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  31.72 
 
 
249 aa  95.5  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.89 
 
 
255 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07251  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.29 
 
 
254 aa  95.5  6e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041784 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.3 
 
 
254 aa  95.5  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>