More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1597 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
234 aa  481  1e-135  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  42.49 
 
 
234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  42.19 
 
 
239 aa  175  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.84 
 
 
246 aa  169  4e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  39.41 
 
 
235 aa  166  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.55 
 
 
235 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.97 
 
 
248 aa  157  9e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  37.79 
 
 
235 aa  153  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  32.62 
 
 
234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.67 
 
 
244 aa  111  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.46 
 
 
247 aa  106  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
247 aa  100  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  30.49 
 
 
239 aa  99  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  30.09 
 
 
245 aa  97.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 
244 aa  97.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32.31 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  29.39 
 
 
251 aa  97.4  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.63 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.74 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
245 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  31.86 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
248 aa  95.9  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.48 
 
 
245 aa  95.1  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.8 
 
 
244 aa  95.1  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
244 aa  94  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 
242 aa  92.8  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.02 
 
 
248 aa  92.8  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.95 
 
 
251 aa  92.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.01 
 
 
242 aa  92  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
248 aa  92  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
241 aa  91.7  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  29.73 
 
 
242 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
251 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.55 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  28.31 
 
 
242 aa  90.1  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  27.8 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  27.8 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  27.8 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.84 
 
 
242 aa  89.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
243 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.32 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  29.26 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.68 
 
 
246 aa  89.4  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
244 aa  89  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
244 aa  88.6  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.44 
 
 
249 aa  88.6  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
246 aa  88.6  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
244 aa  88.6  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.46 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.27 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.88 
 
 
243 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.44 
 
 
260 aa  87.8  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.91 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.01 
 
 
243 aa  87.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
244 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 
240 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
252 aa  87  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
255 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  25.76 
 
 
243 aa  86.3  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  29.66 
 
 
245 aa  86.3  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
244 aa  85.9  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.56 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  28.07 
 
 
243 aa  85.5  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.82 
 
 
239 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.91 
 
 
243 aa  85.5  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
251 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
244 aa  85.1  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.67 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
285 aa  84  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
244 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  25 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.29 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.64 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  27.32 
 
 
245 aa  84  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.82 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.15 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.13 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.46 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>