More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1997 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
238 aa  484  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.96 
 
 
239 aa  288  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.3 
 
 
249 aa  285  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.15 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.07 
 
 
244 aa  201  7e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.76 
 
 
244 aa  187  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32 
 
 
251 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
258 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.83 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  31.2 
 
 
251 aa  96.7  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.51 
 
 
249 aa  94.4  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  29.15 
 
 
245 aa  94.4  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  30.29 
 
 
246 aa  92.8  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
258 aa  92.4  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  35.19 
 
 
239 aa  91.7  9e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.36 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
241 aa  90.1  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.72 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
248 aa  88.6  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25.93 
 
 
249 aa  88.2  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
245 aa  87.8  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
241 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  33.48 
 
 
232 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.25 
 
 
244 aa  87  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  27.62 
 
 
248 aa  86.3  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  28.22 
 
 
236 aa  86.3  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
247 aa  86.3  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.43 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.8 
 
 
249 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.52 
 
 
248 aa  85.5  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 
239 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  30.33 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  31.25 
 
 
232 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  27.08 
 
 
247 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.7 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
249 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.03 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
263 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
249 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
239 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.92 
 
 
257 aa  82  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
249 aa  81.6  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  27.62 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
249 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.97 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.18 
 
 
246 aa  81.3  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 
250 aa  81.3  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.41 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  28.7 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.11 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.56 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.28 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  28.57 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.39 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.87 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.37 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  28 
 
 
233 aa  79  0.00000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  28.17 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 
254 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  27.62 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  28.57 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  29.79 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.86 
 
 
244 aa  77  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.5 
 
 
253 aa  77  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  29.44 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.68 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 
255 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
246 aa  77  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  25.11 
 
 
259 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.31 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.78 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  28.75 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.1 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>