More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3975 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
251 aa  506  9.999999999999999e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.77 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  35.6 
 
 
242 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  38.21 
 
 
245 aa  125  8.000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  34.27 
 
 
242 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
247 aa  124  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.23 
 
 
245 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.34 
 
 
240 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32 
 
 
244 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
246 aa  123  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  34.94 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
241 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
240 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.54 
 
 
239 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
239 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.59 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.03 
 
 
239 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.05 
 
 
244 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
244 aa  115  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
239 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.84 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  34.25 
 
 
244 aa  113  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
245 aa  113  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.98 
 
 
244 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.6 
 
 
244 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.04 
 
 
244 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
243 aa  112  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  33.04 
 
 
241 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  37.61 
 
 
255 aa  111  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.8 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.61 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.67 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.16 
 
 
239 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4766  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
240 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  32.89 
 
 
239 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
250 aa  109  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
248 aa  109  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
251 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  33.04 
 
 
239 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  108  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.51 
 
 
242 aa  108  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.1 
 
 
242 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
243 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
243 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.79 
 
 
243 aa  108  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
243 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.13 
 
 
245 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.88 
 
 
243 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
245 aa  107  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  33.73 
 
 
243 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.5 
 
 
247 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  31.67 
 
 
242 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.05 
 
 
249 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.95 
 
 
249 aa  105  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
243 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
247 aa  105  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  31.85 
 
 
243 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.36 
 
 
249 aa  105  9e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  30.71 
 
 
234 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
244 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  34.25 
 
 
250 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
243 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
249 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 
257 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  34.87 
 
 
259 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.8 
 
 
251 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
250 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  30.89 
 
 
249 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.24 
 
 
243 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
244 aa  102  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.13 
 
 
244 aa  102  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  33.2 
 
 
250 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.12 
 
 
246 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.2 
 
 
251 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
259 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
259 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.4 
 
 
246 aa  102  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
243 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
259 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.03 
 
 
245 aa  102  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
244 aa  102  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
259 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  33.33 
 
 
248 aa  101  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  31.36 
 
 
249 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.3 
 
 
251 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>