More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1925 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
239 aa  470  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.57 
 
 
248 aa  148  9e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.08 
 
 
247 aa  146  3e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  36.09 
 
 
234 aa  136  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.89 
 
 
248 aa  137  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  36.28 
 
 
240 aa  131  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.91 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.14 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.04 
 
 
247 aa  125  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
245 aa  125  7e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.42 
 
 
256 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.99 
 
 
255 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  32.74 
 
 
234 aa  123  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.99 
 
 
255 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.99 
 
 
255 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.99 
 
 
255 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.99 
 
 
255 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.19 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.09 
 
 
255 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  32.6 
 
 
235 aa  120  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.09 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  35.24 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.37 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  34.87 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.16 
 
 
235 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.33 
 
 
255 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.12 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.53 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.96 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.39 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.08 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.29 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.53 
 
 
257 aa  113  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40 
 
 
255 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.67 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.19 
 
 
243 aa  112  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.29 
 
 
255 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  38.33 
 
 
245 aa  112  6e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.67 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.75 
 
 
251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.45 
 
 
249 aa  109  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.73 
 
 
241 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
245 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
258 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.16 
 
 
243 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 
240 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  32.02 
 
 
235 aa  106  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.56 
 
 
239 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.18 
 
 
240 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.86 
 
 
244 aa  105  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.69 
 
 
243 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.34 
 
 
255 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  33.33 
 
 
245 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.22 
 
 
239 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
241 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
239 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.77 
 
 
239 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  102  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  36.73 
 
 
248 aa  102  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
243 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  30.04 
 
 
243 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  30.04 
 
 
243 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  30.04 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  34.85 
 
 
249 aa  102  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.99 
 
 
257 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.5 
 
 
251 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
244 aa  102  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
243 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
243 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
259 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.78 
 
 
246 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
244 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
259 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.04 
 
 
243 aa  101  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  35.68 
 
 
249 aa  101  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  30.8 
 
 
243 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.9 
 
 
244 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  30.42 
 
 
248 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.43 
 
 
244 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  34.76 
 
 
244 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.09 
 
 
250 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30.86 
 
 
243 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.13 
 
 
242 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.13 
 
 
251 aa  99.8  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
247 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.77 
 
 
248 aa  99.4  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 
234 aa  99  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.88 
 
 
243 aa  99  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.42 
 
 
259 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.42 
 
 
259 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.38 
 
 
245 aa  99  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.89 
 
 
242 aa  98.6  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>