More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1169 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.56 
 
 
239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.15 
 
 
238 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.46 
 
 
249 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.88 
 
 
244 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.02 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
248 aa  94.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  28.85 
 
 
248 aa  92.4  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.76 
 
 
247 aa  92  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.67 
 
 
244 aa  91.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
258 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.71 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.12 
 
 
247 aa  89  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  31.62 
 
 
250 aa  88.6  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  35.81 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  30.95 
 
 
245 aa  87.4  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  29.46 
 
 
249 aa  86.7  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.82 
 
 
247 aa  86.7  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  29.36 
 
 
251 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
234 aa  87  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.07 
 
 
263 aa  86.3  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
257 aa  85.9  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.86 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.74 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  32.75 
 
 
252 aa  83.2  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  34.55 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.17 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
243 aa  82  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.41 
 
 
246 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.67 
 
 
248 aa  82  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29.96 
 
 
251 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  27.68 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  31.82 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.45 
 
 
247 aa  80.5  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  29.15 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.5 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.17 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.15 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  29.55 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.17 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.49 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.3 
 
 
246 aa  79  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.34 
 
 
245 aa  78.6  0.00000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  34.53 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  23.97 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.3 
 
 
257 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.78 
 
 
242 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.19 
 
 
285 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.02 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
257 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
222 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  27.15 
 
 
236 aa  76.6  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  30.23 
 
 
235 aa  76.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  30.33 
 
 
259 aa  76.3  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.28 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  29.88 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.19 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.53 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  28.99 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
256 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  35.45 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.46 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  30.83 
 
 
246 aa  75.5  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 
222 aa  75.1  0.0000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.84 
 
 
246 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.3 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
257 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  29.06 
 
 
234 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  29.37 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  29.95 
 
 
230 aa  74.3  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.93 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0103  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 
232 aa  73.9  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0642611  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.3 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  33.48 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.42 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>