More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1575 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  100 
 
 
248 aa  507  1e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.15 
 
 
257 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  40.56 
 
 
247 aa  178  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  38.4 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.24 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  37.35 
 
 
249 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.15 
 
 
247 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.03 
 
 
247 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  37.35 
 
 
249 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.69 
 
 
243 aa  168  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.03 
 
 
244 aa  162  7e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.17 
 
 
255 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.17 
 
 
255 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
243 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.02 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
256 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.2 
 
 
242 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  37.2 
 
 
251 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 
242 aa  159  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  37.1 
 
 
248 aa  159  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
255 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  34.4 
 
 
249 aa  159  6e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  36.69 
 
 
249 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.48 
 
 
243 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
255 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
243 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.79 
 
 
245 aa  155  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.34 
 
 
243 aa  154  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
243 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.46 
 
 
244 aa  152  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.86 
 
 
239 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
243 aa  152  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
246 aa  151  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.91 
 
 
243 aa  151  8.999999999999999e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.66 
 
 
239 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  36.29 
 
 
243 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
251 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.22 
 
 
263 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  35.08 
 
 
243 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.06 
 
 
244 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.9 
 
 
254 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
245 aa  149  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.32 
 
 
240 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.66 
 
 
239 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.89 
 
 
243 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
244 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  148  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.66 
 
 
239 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.66 
 
 
243 aa  148  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
243 aa  148  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  34.91 
 
 
245 aa  148  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.93 
 
 
243 aa  148  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.94 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.2 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.87 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.71 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.32 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
243 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
259 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
243 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
259 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.87 
 
 
243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.87 
 
 
243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
259 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
259 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
243 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  38.98 
 
 
248 aa  145  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  33.47 
 
 
244 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.18 
 
 
245 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
244 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
241 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
244 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.8 
 
 
244 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  38.03 
 
 
245 aa  142  6e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  33.92 
 
 
242 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
246 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.61 
 
 
242 aa  141  9e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.76 
 
 
244 aa  141  9e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>