More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1319 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  100 
 
 
247 aa  497  1e-140  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  53.94 
 
 
245 aa  251  8.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.56 
 
 
245 aa  233  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.19 
 
 
249 aa  230  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  48.77 
 
 
246 aa  223  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.75 
 
 
247 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.4 
 
 
250 aa  209  3e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44 
 
 
250 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  39.51 
 
 
246 aa  194  9e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  39.68 
 
 
249 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  40.89 
 
 
251 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  40.56 
 
 
248 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.73 
 
 
246 aa  186  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.68 
 
 
263 aa  177  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.02 
 
 
258 aa  175  6e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.03 
 
 
249 aa  175  6e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  36.99 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.41 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.8 
 
 
249 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  37.4 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.84 
 
 
246 aa  162  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.1 
 
 
260 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
239 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  35.06 
 
 
242 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  37.4 
 
 
244 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
239 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  34.01 
 
 
248 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
243 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
239 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  34.15 
 
 
243 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  37.55 
 
 
245 aa  155  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
239 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.73 
 
 
244 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  35.37 
 
 
244 aa  154  9e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  39.11 
 
 
242 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.66 
 
 
249 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.29 
 
 
248 aa  153  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.89 
 
 
244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.15 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  37.5 
 
 
240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  34.01 
 
 
243 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.4 
 
 
249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.83 
 
 
251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  34.16 
 
 
245 aa  151  8e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
243 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.8 
 
 
251 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.47 
 
 
242 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.65 
 
 
239 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
240 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.19 
 
 
244 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.6 
 
 
249 aa  149  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  37.82 
 
 
239 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1548  protein of unknown function DUF558  39.84 
 
 
243 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.03 
 
 
242 aa  148  6e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
241 aa  148  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.63 
 
 
244 aa  148  7e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  37.39 
 
 
239 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.99 
 
 
250 aa  148  8e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.99 
 
 
250 aa  148  8e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  33.99 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 
244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.2 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.94 
 
 
260 aa  146  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.76 
 
 
244 aa  146  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.6 
 
 
249 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.62 
 
 
243 aa  145  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  33.61 
 
 
251 aa  144  9e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.48 
 
 
243 aa  144  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
243 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
246 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
239 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.8 
 
 
239 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.83 
 
 
251 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.11 
 
 
243 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.79 
 
 
249 aa  141  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
241 aa  141  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  32.79 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.96 
 
 
257 aa  140  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  34.36 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  30.83 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.33 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.73 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>