More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3387 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
263 aa  519  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  64.09 
 
 
260 aa  317  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 
246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.19 
 
 
246 aa  227  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.19 
 
 
246 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.4 
 
 
248 aa  207  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.9 
 
 
249 aa  189  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  43.67 
 
 
244 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.77 
 
 
257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  39.68 
 
 
247 aa  168  9e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.24 
 
 
247 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  37.7 
 
 
249 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.95 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  37.34 
 
 
246 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  41.43 
 
 
246 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
245 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  39.84 
 
 
249 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  39.06 
 
 
245 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  35.22 
 
 
248 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  37.6 
 
 
243 aa  149  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  38.87 
 
 
251 aa  148  8e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.29 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  36.94 
 
 
239 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
241 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.94 
 
 
239 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.94 
 
 
258 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
249 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 
239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.59 
 
 
239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
250 aa  139  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.59 
 
 
239 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  39.82 
 
 
242 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.39 
 
 
240 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
239 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.14 
 
 
239 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.28 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.13 
 
 
250 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  35.2 
 
 
244 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.82 
 
 
244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.01 
 
 
239 aa  132  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  34.14 
 
 
243 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.33 
 
 
243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 
243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  35.83 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.18 
 
 
249 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
249 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.6 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  34.91 
 
 
248 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  33.61 
 
 
240 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.84 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  34.25 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.55 
 
 
249 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
244 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.55 
 
 
249 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  37.8 
 
 
244 aa  126  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  32.93 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  33.6 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
244 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.05 
 
 
244 aa  125  5e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  35.74 
 
 
245 aa  125  6e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.04 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.54 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.67 
 
 
243 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.82 
 
 
255 aa  123  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.96 
 
 
247 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.89 
 
 
242 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  33.6 
 
 
249 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.8 
 
 
260 aa  123  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.95 
 
 
246 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
247 aa  122  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.92 
 
 
243 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 
243 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
245 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  38.46 
 
 
250 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.82 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.35 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  32.66 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  36.8 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  32.81 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.29 
 
 
245 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.16 
 
 
246 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>