More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3218 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
257 aa  523  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.4 
 
 
247 aa  241  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  47.2 
 
 
247 aa  222  6e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  44 
 
 
249 aa  207  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.4 
 
 
249 aa  202  6e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  45.1 
 
 
251 aa  192  5e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.16 
 
 
245 aa  188  7e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  42.45 
 
 
246 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.84 
 
 
250 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  41.56 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  38.15 
 
 
248 aa  181  9.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.44 
 
 
250 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  41.74 
 
 
245 aa  177  1e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.77 
 
 
263 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  39.6 
 
 
244 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.68 
 
 
249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.9 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.25 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.96 
 
 
249 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.63 
 
 
244 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.53 
 
 
260 aa  156  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.48 
 
 
242 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.99 
 
 
258 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  35.48 
 
 
245 aa  153  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.07 
 
 
249 aa  153  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
244 aa  152  4e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.21 
 
 
246 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  37.1 
 
 
244 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  37.82 
 
 
240 aa  151  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.44 
 
 
249 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  37.45 
 
 
248 aa  149  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.85 
 
 
249 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.45 
 
 
249 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.49 
 
 
248 aa  149  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.52 
 
 
247 aa  148  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  33.99 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  34.94 
 
 
242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
259 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  34.41 
 
 
245 aa  146  3e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.81 
 
 
259 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
241 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
243 aa  145  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.4 
 
 
246 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.33 
 
 
251 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.02 
 
 
243 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.99 
 
 
247 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
259 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.65 
 
 
243 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.41 
 
 
259 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  34.68 
 
 
245 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
245 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  40.71 
 
 
291 aa  143  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
244 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  36.52 
 
 
249 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  33.99 
 
 
243 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.44 
 
 
244 aa  142  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  32.03 
 
 
243 aa  141  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  32.03 
 
 
243 aa  141  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.03 
 
 
243 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.2 
 
 
260 aa  141  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
243 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  31.64 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4296  protein of unknown function DUF558  41.03 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0203187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.64 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.11 
 
 
246 aa  139  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.45 
 
 
243 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  34.07 
 
 
246 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  32.26 
 
 
243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  34.54 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  34.82 
 
 
249 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  38.6 
 
 
259 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  34.94 
 
 
245 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
244 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.61 
 
 
245 aa  137  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.53 
 
 
244 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.46 
 
 
244 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.32 
 
 
251 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 
243 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  35.37 
 
 
243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.56 
 
 
249 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.28 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.8 
 
 
239 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.98 
 
 
242 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.15 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.77 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>