More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1352 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  100 
 
 		 239 aa  493  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  44.77 
 
 		 234 aa  193  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.95 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  40.42 
 
 		 235 aa  181  7e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.19 
 
 		 234 aa  175  5e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.45 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  39.66 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  36.86 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.8 
 
 		 248 aa  161  8.000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  35.24 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  32.91 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 		 248 aa  108  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.73 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.29 
 
 		 240 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  30.99 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  29.78 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.73 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  31.98 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 		 247 aa  102  8e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.27 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  29.75 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.9 
 
 		 245 aa  99.8  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.94 
 
 		 240 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.08 
 
 		 245 aa  98.2  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  32.5 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.97 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.9 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.67 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.22 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.67 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.91 
 
 		 243 aa  95.5  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 		 246 aa  95.1  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  28.99 
 
 		 244 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 		 244 aa  93.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.78 
 
 		 243 aa  93.6  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  31.3 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  29.05 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 		 239 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  30.09 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.24 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.49 
 
 		 241 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.86 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.06 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  29.13 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.18 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.81 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.36 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  29.67 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.93 
 
 		 255 aa  89  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  28.26 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.91 
 
 		 255 aa  88.6  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.45 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.49 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  28.19 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  30.49 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  31.6 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  30.13 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  30.36 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.28 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.39 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  28.46 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5277  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 		 244 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  30 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.97 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 		 234 aa  85.5  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 		 249 aa  85.5  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.79 
 
 		 255 aa  85.1  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  31.3 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4078  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.8 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.708574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.5 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>