More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4594 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
235 aa  479  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.37 
 
 
246 aa  265  5.999999999999999e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  55.56 
 
 
235 aa  256  3e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  46.38 
 
 
234 aa  230  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  41.95 
 
 
239 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  41.07 
 
 
234 aa  184  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  39.32 
 
 
235 aa  175  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.55 
 
 
234 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.97 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.45 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.07 
 
 
248 aa  125  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.22 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  31 
 
 
242 aa  118  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  32.16 
 
 
239 aa  116  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
248 aa  115  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 
245 aa  112  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
248 aa  109  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  31.6 
 
 
242 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.6 
 
 
244 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  29.95 
 
 
244 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
244 aa  106  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31 
 
 
243 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.88 
 
 
244 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.34 
 
 
246 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.93 
 
 
243 aa  105  9e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.39 
 
 
243 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 
245 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  29.17 
 
 
245 aa  103  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
243 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.88 
 
 
244 aa  102  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  30.93 
 
 
246 aa  102  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.94 
 
 
244 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000013307  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.41 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  29.17 
 
 
246 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 
244 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  32.79 
 
 
247 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.69 
 
 
243 aa  99.8  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  27.8 
 
 
251 aa  99.8  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.78 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.69 
 
 
243 aa  99  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.57 
 
 
243 aa  98.2  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 
239 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.82 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  28.57 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  29.95 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.1 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
241 aa  95.9  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
239 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
244 aa  95.1  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
243 aa  94.7  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  27.65 
 
 
242 aa  95.1  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  28.81 
 
 
249 aa  94  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  28.38 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  31.02 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.19 
 
 
239 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  28.83 
 
 
245 aa  92.4  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
243 aa  92  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
243 aa  92  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.96 
 
 
243 aa  92  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.17 
 
 
240 aa  92  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.3 
 
 
239 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  29.34 
 
 
251 aa  90.9  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  33.71 
 
 
240 aa  91.3  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.05 
 
 
257 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.04 
 
 
239 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.91 
 
 
241 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.04 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.76 
 
 
243 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.72 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.04 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.25 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.44 
 
 
244 aa  89  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.96 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  30.84 
 
 
251 aa  87.8  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0207  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.49 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>