More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1631 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1631  diguanylate cyclase  100 
 
 		 509 aa  997    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646113  normal  0.429495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 492 aa  293  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 495 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5335  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 489 aa  286  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 490 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 490 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  37.42 
 
 		 489 aa  282  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  35.17 
 
 		 491 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1895  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 515 aa  276  8e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175233  normal  0.282875 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 487 aa  273  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 490 aa  270  5e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 492 aa  266  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 490 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 490 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  39.16 
 
 		 419 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 431 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  36.63 
 
 		 836 aa  107  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 		 431 aa  107  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  37.35 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 307 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 880 aa  103  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 860 aa  103  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  36.09 
 
 		 619 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.98 
 
 		 1338 aa  101  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 503 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.04 
 
 		 659 aa  101  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.5 
 
 		 434 aa  100  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  38.85 
 
 		 533 aa  99.4  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.56 
 
 		 681 aa  99.4  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 		 853 aa  99.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 		 431 aa  99.4  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 357 aa  99.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.46 
 
 		 587 aa  99  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.81 
 
 		 912 aa  98.6  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 960 aa  99  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 		 836 aa  98.2  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 425 aa  97.8  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33 
 
 		 771 aa  97.1  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 800 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.88 
 
 		 465 aa  96.7  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.09 
 
 		 623 aa  96.3  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  28.79 
 
 		 418 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 796 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  26.58 
 
 		 659 aa  95.9  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3608  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.9 
 
 		 430 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.74 
 
 		 593 aa  95.5  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.75 
 
 		 419 aa  94.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 796 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.43 
 
 		 483 aa  94.4  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  37.64 
 
 		 476 aa  94  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0430  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 327 aa  94  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 555 aa  93.6  7e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 511 aa  93.2  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.68 
 
 		 831 aa  93.2  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 616 aa  93.2  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 796 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 321 aa  92.8  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  30.36 
 
 		 425 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 372 aa  92  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.53 
 
 		 474 aa  92  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.62 
 
 		 1101 aa  92.4  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 710 aa  92  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  33.94 
 
 		 803 aa  92.4  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  30.77 
 
 		 489 aa  91.3  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 332 aa  91.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  35.26 
 
 		 529 aa  91.3  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.42 
 
 		 715 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 527 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 794 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 501 aa  90.9  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4027  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 327 aa  90.9  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 327 aa  90.9  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 		 971 aa  90.9  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3571  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.84 
 
 		 328 aa  90.9  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 398 aa  90.5  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 236 aa  90.1  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  31.41 
 
 		 520 aa  90.1  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.38 
 
 		 438 aa  90.1  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3831  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 327 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 536 aa  90.1  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.5 
 
 		 424 aa  90.1  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  34.48 
 
 		 323 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1507  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 369 aa  89.4  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.122558  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 780 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 637 aa  89.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  40 
 
 		 363 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 		 1248 aa  89  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 712 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 547 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  29.26 
 
 		 540 aa  89  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.66 
 
 		 603 aa  89  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36 
 
 		 532 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 340 aa  88.2  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.93 
 
 		 981 aa  88.2  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000761227 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  40 
 
 		 363 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 523 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>