More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5335 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5335  diguanylate cyclase  100 
 
 
489 aa  998    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  64.8 
 
 
487 aa  660    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1895  diguanylate cyclase  70.42 
 
 
515 aa  687    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175233  normal  0.282875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  59.87 
 
 
490 aa  587  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  59.67 
 
 
492 aa  587  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  60.21 
 
 
495 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  58.49 
 
 
489 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  58.64 
 
 
492 aa  552  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  55.81 
 
 
490 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  55.81 
 
 
490 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  54.49 
 
 
481 aa  520  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  51.46 
 
 
491 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  52.4 
 
 
490 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  52.19 
 
 
490 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1631  diguanylate cyclase  37.45 
 
 
509 aa  267  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646113  normal  0.429495 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  27.92 
 
 
836 aa  142  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
431 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 
431 aa  136  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  38.95 
 
 
419 aa  131  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.49 
 
 
960 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 
503 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.24 
 
 
771 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  33.91 
 
 
420 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  37.81 
 
 
619 aa  123  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 
431 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
307 aa  119  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.21 
 
 
483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.1 
 
 
860 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.1 
 
 
880 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 
853 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.41 
 
 
539 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.42 
 
 
909 aa  113  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.06 
 
 
438 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 
755 aa  111  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.51 
 
 
814 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.02 
 
 
623 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
616 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.18 
 
 
786 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.89 
 
 
593 aa  110  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 
1965 aa  110  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 
520 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.32 
 
 
302 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.11 
 
 
587 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  28.16 
 
 
540 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.42 
 
 
780 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 
425 aa  106  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  37.16 
 
 
795 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
1338 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.95 
 
 
434 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
613 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 
1059 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.635734  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
295 aa  104  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 
850 aa  105  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
356 aa  103  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.87 
 
 
1061 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  36.07 
 
 
795 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.36 
 
 
1059 aa  103  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 
1238 aa  103  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.42 
 
 
912 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.55 
 
 
901 aa  102  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.97 
 
 
465 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.45 
 
 
686 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.74 
 
 
849 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
526 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  34.66 
 
 
803 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.77 
 
 
516 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.43 
 
 
516 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.31 
 
 
474 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
639 aa  101  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  29.8 
 
 
516 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  29.86 
 
 
495 aa  101  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  36.87 
 
 
794 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  29.86 
 
 
516 aa  101  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  40.96 
 
 
522 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0141  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.31 
 
 
795 aa  99  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0947657 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.38 
 
 
706 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.22 
 
 
681 aa  98.6  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.07 
 
 
712 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.65 
 
 
822 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.31 
 
 
516 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.46 
 
 
971 aa  98.2  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  33.95 
 
 
533 aa  97.8  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.87 
 
 
1069 aa  97.8  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  28.86 
 
 
514 aa  97.4  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 
317 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  38.75 
 
 
202 aa  97.4  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 
317 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.84 
 
 
463 aa  97.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
612 aa  97.1  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.01 
 
 
824 aa  97.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
471 aa  97.1  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.68 
 
 
823 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.85 
 
 
508 aa  96.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  33.48 
 
 
847 aa  96.7  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 
454 aa  96.7  9e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 
531 aa  96.7  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  24.76 
 
 
617 aa  96.7  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.76 
 
 
457 aa  95.9  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  28.87 
 
 
474 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
370 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>