182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00351 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00351  Hydrogenase formation HypD protein  100 
 
 		 377 aa  779    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1275  hydrogenase formation HypD protein  50.99 
 
 		 368 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1667  hydrogenase formation HypD protein  48.48 
 
 		 385 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0174  hydrogenase expression/formation protein  49.16 
 
 		 379 aa  357  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2487  hydrogenase formation HypD protein  49.85 
 
 		 360 aa  356  3.9999999999999996e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252793 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1384  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.22 
 
 		 365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.628545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1603  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.37 
 
 		 366 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0327  hydrogenase formation HypD protein  47.74 
 
 		 364 aa  342  5e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0678838  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0880  hydrogenase formation HypD protein  38.12 
 
 		 366 aa  285  1.0000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825886 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1849  hydrogenase expression/formation protein  39.39 
 
 		 372 aa  268  1e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0682  hydrogenase expression/formation protein HypD  39 
 
 		 359 aa  253  5.000000000000001e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  39.89 
 
 		 361 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.74 
 
 		 382 aa  245  9.999999999999999e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.11 
 
 		 371 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.11 
 
 		 371 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  36.39 
 
 		 363 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  38.22 
 
 		 363 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1211  hypothetical protein  37.83 
 
 		 342 aa  238  9e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0842622  normal  0.019254 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  35.77 
 
 		 365 aa  238  9e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.91 
 
 		 363 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.61 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.06 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.68 
 
 		 371 aa  238  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.69 
 
 		 366 aa  237  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  36.16 
 
 		 383 aa  236  4e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.05 
 
 		 361 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.49 
 
 		 352 aa  236  6e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2049  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.46 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1762  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.31 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2332  hydrogenase formation HypD protein  36.8 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1207  hydrogenase formation HypD protein  34.15 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1783  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.98 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.146448  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.43 
 
 		 365 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1132  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.18 
 
 		 363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1455  hydrogenase formation HypD protein  37.88 
 
 		 362 aa  233  5e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.472056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.36 
 
 		 363 aa  232  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1566  hydrogenase formation HypD protein  36.24 
 
 		 394 aa  232  8.000000000000001e-60  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.67 
 
 		 367 aa  232  9e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.39 
 
 		 373 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.57 
 
 		 373 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.57 
 
 		 373 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.26 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.8 
 
 		 360 aa  231  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.49 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.47 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.41 
 
 		 402 aa  230  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3014  hydrogenase formation HypD protein  34.79 
 
 		 349 aa  229  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.34 
 
 		 364 aa  230  4e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1900  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.86 
 
 		 371 aa  230  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00044285 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.29 
 
 		 373 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 363 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4509  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.49 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629717  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.07 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1705  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.57 
 
 		 371 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.340264 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.82 
 
 		 373 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.49 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3912  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.73 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.16 
 
 		 377 aa  227  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  33.97 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2041  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.58 
 
 		 388 aa  226  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2778  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.71 
 
 		 363 aa  226  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1671  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.96 
 
 		 386 aa  226  4e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.1 
 
 		 372 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.42 
 
 		 373 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0789  hydrogenase expression/formation protein HypD  33.52 
 
 		 363 aa  225  9e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.633306  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1851  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.94 
 
 		 341 aa  225  9e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.665082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1300  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.2 
 
 		 360 aa  225  9e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1301  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.92 
 
 		 342 aa  225  9e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00908036 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.69 
 
 		 368 aa  224  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.28 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2007  hydrogenase formation HypD protein  37.64 
 
 		 368 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  35.8 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.79 
 
 		 379 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.92 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1641  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.71 
 
 		 364 aa  224  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.79 
 
 		 379 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.31 
 
 		 366 aa  223  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1384  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.5 
 
 		 360 aa  223  4e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  36.02 
 
 		 365 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.99 
 
 		 376 aa  222  7e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.03 
 
 		 366 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.03 
 
 		 366 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.29 
 
 		 379 aa  222  8e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0930  hydrogenase formation HypD protein  34.34 
 
 		 375 aa  222  8e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.25 
 
 		 379 aa  222  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.89 
 
 		 375 aa  222  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.83 
 
 		 389 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  34.73 
 
 		 375 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1292  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.91 
 
 		 360 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1740  hydrogenase formation HypD protein  34.53 
 
 		 348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0502  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.55 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.17 
 
 		 376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>