183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2276 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  83.84 
 
 		 365 aa  637    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  100 
 
 		 365 aa  743    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  73.41 
 
 		 363 aa  544  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  70.64 
 
 		 363 aa  519  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  64.27 
 
 		 360 aa  479  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.41 
 
 		 362 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.42 
 
 		 359 aa  369  1e-101  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0142  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.68 
 
 		 393 aa  365  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.58 
 
 		 360 aa  362  5.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.59 
 
 		 365 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.72 
 
 		 373 aa  360  2e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3634  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.21 
 
 		 367 aa  352  4e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0308  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.34 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  47.93 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 363 aa  350  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1132  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.38 
 
 		 363 aa  350  3e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01200  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.88 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  47.5 
 
 		 364 aa  345  7e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.22 
 
 		 364 aa  344  1e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2007  hydrogenase formation HypD protein  50.72 
 
 		 368 aa  343  4e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.07 
 
 		 363 aa  339  4e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1762  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.58 
 
 		 367 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.11 
 
 		 364 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.69 
 
 		 361 aa  336  3.9999999999999995e-91  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  44.35 
 
 		 365 aa  335  7.999999999999999e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  43.29 
 
 		 383 aa  333  2e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2778  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.41 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.14 
 
 		 384 aa  331  1e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.23 
 
 		 377 aa  329  6e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2177  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 377 aa  327  3e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.380266 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.79 
 
 		 365 aa  322  5e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.86 
 
 		 373 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.97 
 
 		 371 aa  322  8e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.39 
 
 		 389 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.88 
 
 		 376 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.53 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.39 
 
 		 371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.11 
 
 		 374 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.59 
 
 		 373 aa  319  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.59 
 
 		 373 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.59 
 
 		 373 aa  319  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.32 
 
 		 373 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2386  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.98 
 
 		 367 aa  317  2e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0725223 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.33 
 
 		 382 aa  316  4e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0502  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.4 
 
 		 342 aa  315  7e-85  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1641  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.28 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3912  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.67 
 
 		 358 aa  313  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.88 
 
 		 352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.51 
 
 		 373 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.51 
 
 		 373 aa  312  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.51 
 
 		 373 aa  312  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.51 
 
 		 373 aa  312  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  43.8 
 
 		 375 aa  311  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  43.24 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.24 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  43.24 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.24 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.24 
 
 		 373 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.9 
 
 		 379 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.06 
 
 		 402 aa  310  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.06 
 
 		 371 aa  308  6.999999999999999e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.93 
 
 		 379 aa  308  8e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.45 
 
 		 366 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.5 
 
 		 366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.5 
 
 		 366 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.26 
 
 		 376 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.73 
 
 		 373 aa  306  5.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.23 
 
 		 371 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.29 
 
 		 381 aa  305  6e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.29 
 
 		 381 aa  305  6e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.5 
 
 		 366 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4509  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.25 
 
 		 364 aa  305  8.000000000000001e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629717  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.2 
 
 		 378 aa  304  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  42.23 
 
 		 382 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.94 
 
 		 363 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.5 
 
 		 366 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.74 
 
 		 379 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.41 
 
 		 343 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0389  hydrogenase formation HypD protein  43.55 
 
 		 346 aa  303  2.0000000000000002e-81  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.483899  hitchhiker  0.0000000115047 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.63 
 
 		 368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.12 
 
 		 380 aa  302  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.2 
 
 		 378 aa  302  6.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  42.47 
 
 		 379 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.03 
 
 		 376 aa  301  9e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.05 
 
 		 385 aa  301  9e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2049  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.22 
 
 		 364 aa  301  1e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2595  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.22 
 
 		 369 aa  301  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  42.93 
 
 		 396 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.87 
 
 		 380 aa  299  4e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  41.58 
 
 		 380 aa  299  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1455  hydrogenase formation HypD protein  42.22 
 
 		 362 aa  299  5e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.472056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.66 
 
 		 367 aa  298  7e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1783  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.06 
 
 		 365 aa  298  9e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.146448  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  42.38 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3444  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.98 
 
 		 369 aa  297  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.548091 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1211  hypothetical protein  43.55 
 
 		 342 aa  297  2e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0842622  normal  0.019254 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1301  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.23 
 
 		 342 aa  296  4e-79  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00908036 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.54 
 
 		 371 aa  296  5e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1851  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.55 
 
 		 341 aa  296  5e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.665082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1960  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.49 
 
 		 381 aa  295  7e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>