185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3167 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02579  HypD  94.09 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.09 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.35 
 
 		 373 aa  732    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 373 aa  772    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  99.46 
 
 		 373 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.35 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  94.09 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  99.2 
 
 		 373 aa  766    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  99.73 
 
 		 373 aa  769    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.09 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  99.46 
 
 		 373 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  87.37 
 
 		 373 aa  684    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.35 
 
 		 373 aa  732    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.09 
 
 		 373 aa  731    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  94.35 
 
 		 373 aa  732    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  71.85 
 
 		 375 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  66.67 
 
 		 371 aa  525  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  65.85 
 
 		 371 aa  521  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.75 
 
 		 374 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  57.75 
 
 		 381 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  57.75 
 
 		 381 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  58.47 
 
 		 377 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  56.56 
 
 		 382 aa  444  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  57.57 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  57.57 
 
 		 379 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  58.04 
 
 		 373 aa  441  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  57.65 
 
 		 385 aa  436  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  57.99 
 
 		 396 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.38 
 
 		 379 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.19 
 
 		 377 aa  427  1e-118  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  56.87 
 
 		 389 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.46 
 
 		 382 aa  417  9.999999999999999e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  52.19 
 
 		 383 aa  415  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.45 
 
 		 384 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.47 
 
 		 378 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.95 
 
 		 371 aa  410  1e-113  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.64 
 
 		 376 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.28 
 
 		 375 aa  392  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  52.46 
 
 		 375 aa  387  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.73 
 
 		 380 aa  379  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.19 
 
 		 367 aa  377  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.73 
 
 		 366 aa  376  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.45 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.73 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.19 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.09 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.19 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.19 
 
 		 366 aa  371  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.54 
 
 		 402 aa  371  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1705  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.46 
 
 		 371 aa  367  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.340264 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.36 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  48.91 
 
 		 375 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.18 
 
 		 368 aa  362  8e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2595  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.46 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.25 
 
 		 376 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.23 
 
 		 372 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.76 
 
 		 366 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.84 
 
 		 378 aa  355  6.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2741  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.76 
 
 		 381 aa  354  1e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.38 
 
 		 376 aa  353  4e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  44.74 
 
 		 380 aa  352  7e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1177  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.72 
 
 		 380 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1762  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.34 
 
 		 367 aa  350  3e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2392  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.78 
 
 		 368 aa  349  5e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  46.99 
 
 		 361 aa  348  6e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1264  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.25 
 
 		 367 aa  348  6e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4509  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 364 aa  348  7e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629717  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0931  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.05 
 
 		 362 aa  348  8e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.455246  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2049  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.99 
 
 		 364 aa  348  9e-95  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1455  hydrogenase formation HypD protein  45.53 
 
 		 362 aa  347  1e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.472056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.35 
 
 		 379 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.35 
 
 		 379 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1891  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.75 
 
 		 362 aa  347  1e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.93 
 
 		 380 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0873  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.16 
 
 		 361 aa  347  2e-94  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657682  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.12 
 
 		 362 aa  346  3e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.35 
 
 		 379 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1169  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.99 
 
 		 380 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.783843  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.84 
 
 		 379 aa  345  5e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  45.31 
 
 		 380 aa  345  6e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1783  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.95 
 
 		 365 aa  345  6e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.146448  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2413  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.08 
 
 		 379 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.430044  hitchhiker  0.000120097 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1834  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.92 
 
 		 379 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2091  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.51 
 
 		 379 aa  343  2e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2537  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.78 
 
 		 368 aa  343  2e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1869  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.63 
 
 		 379 aa  343  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.87 
 
 		 376 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1814  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.63 
 
 		 379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2163  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.63 
 
 		 379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.32 
 
 		 365 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1757  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.25 
 
 		 371 aa  342  4e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 370 aa  342  5e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  46 
 
 		 375 aa  342  5e-93  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 370 aa  342  5e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.63 
 
 		 363 aa  342  8e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0892  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.4 
 
 		 369 aa  341  9e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26538  normal  0.532572 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0866  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.4 
 
 		 369 aa  341  9e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  43.7 
 
 		 374 aa  341  1e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1094  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.49 
 
 		 362 aa  341  1e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0305053  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 365 aa  341  1e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>