183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_3290 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 370 aa  754    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 370 aa  754    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  70.67 
 
 		 380 aa  555  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  68.53 
 
 		 374 aa  542  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  68.53 
 
 		 376 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  68.53 
 
 		 379 aa  538  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1960  hydrogenase expression/formation protein HypD  65.33 
 
 		 381 aa  522  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  66.76 
 
 		 378 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  65.6 
 
 		 380 aa  520  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3925  hydrogenase expression/formation protein HypD  68.45 
 
 		 393 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.547709  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1282  hydrogenase expression/formation protein HypD  65.6 
 
 		 387 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.467018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  63.78 
 
 		 376 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  64.05 
 
 		 375 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2392  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.31 
 
 		 368 aa  486  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50450  hydrogenase expression/formation protein HypD  66.13 
 
 		 379 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216438  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2537  hydrogenase expression/formation protein HypD  60.49 
 
 		 368 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1177  hydrogenase expression/formation protein HypD  63.54 
 
 		 380 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2741  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.2 
 
 		 381 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.89 
 
 		 376 aa  471  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1169  hydrogenase expression/formation protein HypD  62.2 
 
 		 380 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.783843  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  57.49 
 
 		 371 aa  451  1.0000000000000001e-126  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.65 
 
 		 384 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  54.2 
 
 		 383 aa  437  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  54.47 
 
 		 382 aa  436  1e-121  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  58.86 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  54.42 
 
 		 377 aa  434  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.04 
 
 		 376 aa  434  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.01 
 
 		 378 aa  428  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.86 
 
 		 380 aa  431  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  56.13 
 
 		 375 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  54.18 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  54.84 
 
 		 381 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  54.84 
 
 		 381 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  54.4 
 
 		 396 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.21 
 
 		 374 aa  415  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.1 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.91 
 
 		 385 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.44 
 
 		 379 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.38 
 
 		 379 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  53.17 
 
 		 379 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.79 
 
 		 389 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.78 
 
 		 375 aa  387  1e-106  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0873  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.59 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657682  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.33 
 
 		 371 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.08 
 
 		 373 aa  378  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.33 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.72 
 
 		 378 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  48.11 
 
 		 380 aa  374  1e-102  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.59 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0931  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.05 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.455246  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2413  hydrogenase expression/formation protein HypD  50 
 
 		 379 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.430044  hitchhiker  0.000120097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1671  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.37 
 
 		 386 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  50 
 
 		 379 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  50 
 
 		 379 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1891  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.23 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1094  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.41 
 
 		 362 aa  371  1e-101  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0305053  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.72 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1834  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.72 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0049  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.69 
 
 		 364 aa  368  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.185682  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.45 
 
 		 379 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2091  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.9 
 
 		 379 aa  363  2e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2595  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.92 
 
 		 369 aa  361  9e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2041  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.59 
 
 		 388 aa  360  2e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1814  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.62 
 
 		 379 aa  359  4e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2163  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.62 
 
 		 379 aa  359  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1869  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.34 
 
 		 379 aa  358  6e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.46 
 
 		 373 aa  355  5.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0789  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 363 aa  354  2e-96  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.633306  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2111  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.76 
 
 		 375 aa  353  2e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304597  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0306  hydrogenase formation HypD protein  52.26 
 
 		 386 aa  352  5e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0125924  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.14 
 
 		 366 aa  351  1e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.14 
 
 		 366 aa  351  1e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3444  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.92 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.548091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.14 
 
 		 366 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0728  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.14 
 
 		 363 aa  350  3e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.730709  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1044  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.14 
 
 		 363 aa  350  3e-95  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.722002  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0866  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.24 
 
 		 369 aa  349  4e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0892  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.24 
 
 		 369 aa  349  4e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26538  normal  0.532572 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  47.57 
 
 		 373 aa  348  8e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  348  8e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  348  8e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  47.57 
 
 		 373 aa  348  8e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1757  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.11 
 
 		 371 aa  348  8e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  348  8e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0654  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.14 
 
 		 363 aa  348  9e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  347  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  347  1e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  347  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1900  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.38 
 
 		 371 aa  348  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00044285 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.86 
 
 		 363 aa  346  3e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.23 
 
 		 360 aa  346  4e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 373 aa  345  7e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1705  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.65 
 
 		 371 aa  344  1e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.340264 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 373 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1264  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.87 
 
 		 367 aa  345  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.3 
 
 		 373 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.41 
 
 		 362 aa  343  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.59 
 
 		 371 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>