183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3130 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 363 aa  741    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1132  hydrogenase expression/formation protein HypD  95.87 
 
 		 363 aa  714    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  76.86 
 
 		 363 aa  593  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0308  hydrogenase expression/formation protein HypD  76.03 
 
 		 363 aa  590  1e-167  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  75.48 
 
 		 363 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2778  hydrogenase expression/formation protein HypD  73 
 
 		 363 aa  545  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  65.47 
 
 		 365 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.79 
 
 		 361 aa  400  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.38 
 
 		 359 aa  388  1e-107  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.91 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.91 
 
 		 377 aa  382  1e-105  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.01 
 
 		 382 aa  375  1e-103  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.72 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.68 
 
 		 371 aa  373  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.27 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01200  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.98 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  50.27 
 
 		 364 aa  369  1e-101  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.83 
 
 		 384 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  46.43 
 
 		 383 aa  367  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  48.39 
 
 		 396 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0142  hydrogenase expression/formation protein HypD  51.69 
 
 		 393 aa  367  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  48.75 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  50 
 
 		 364 aa  368  1e-100  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2177  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.14 
 
 		 377 aa  362  6e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.380266 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2007  hydrogenase formation HypD protein  53.39 
 
 		 368 aa  360  1e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.36 
 
 		 376 aa  359  3e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3634  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.62 
 
 		 367 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.9 
 
 		 360 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.21 
 
 		 363 aa  354  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  48.77 
 
 		 375 aa  353  2e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.23 
 
 		 380 aa  351  8.999999999999999e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  47.66 
 
 		 365 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  47.66 
 
 		 365 aa  350  2e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.74 
 
 		 377 aa  348  8e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.75 
 
 		 375 aa  348  1e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.59 
 
 		 374 aa  348  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.38 
 
 		 371 aa  347  2e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.56 
 
 		 371 aa  347  2e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  49.47 
 
 		 374 aa  347  3e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.86 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.86 
 
 		 370 aa  346  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.44 
 
 		 376 aa  345  6e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.56 
 
 		 371 aa  345  7e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.74 
 
 		 362 aa  344  1e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  43.58 
 
 		 380 aa  343  2e-93  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.56 
 
 		 371 aa  343  4e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.17 
 
 		 373 aa  342  9e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  46.51 
 
 		 379 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2595  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.83 
 
 		 369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.38 
 
 		 375 aa  340  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.54 
 
 		 373 aa  339  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2041  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.68 
 
 		 388 aa  339  4e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.38 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.24 
 
 		 379 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  44.29 
 
 		 382 aa  339  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  44.26 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.17 
 
 		 378 aa  338  9.999999999999999e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2392  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.93 
 
 		 368 aa  337  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.26 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.26 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.73 
 
 		 362 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1705  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.33 
 
 		 371 aa  337  2.9999999999999997e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.340264 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.73 
 
 		 365 aa  336  3.9999999999999995e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2537  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.21 
 
 		 368 aa  335  7e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.52 
 
 		 379 aa  335  7e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  47.43 
 
 		 375 aa  335  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  47.51 
 
 		 363 aa  334  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1960  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.31 
 
 		 381 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.54 
 
 		 373 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.14 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.28 
 
 		 379 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.81 
 
 		 373 aa  333  4e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1094  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.87 
 
 		 362 aa  332  7.000000000000001e-90  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0305053  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  332  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3444  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.28 
 
 		 369 aa  331  1e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.548091 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.58 
 
 		 376 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.99 
 
 		 373 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.71 
 
 		 375 aa  330  3e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0873  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.7 
 
 		 361 aa  330  3e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657682  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.83 
 
 		 367 aa  329  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1891  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.42 
 
 		 362 aa  328  8e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.51 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2091  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.69 
 
 		 379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.99 
 
 		 380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.52 
 
 		 378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.84 
 
 		 378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.35 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0728  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.6 
 
 		 363 aa  326  3e-88  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.730709  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.32 
 
 		 376 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.08 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.08 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>