183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0364 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 363 aa  747    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  73.41 
 
 		 365 aa  555  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  73.41 
 
 		 365 aa  544  1e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  66.2 
 
 		 360 aa  499  1e-140  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  67.59 
 
 		 363 aa  497  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.13 
 
 		 362 aa  455  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.16 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  49.04 
 
 		 363 aa  364  1e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.86 
 
 		 365 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.3 
 
 		 359 aa  356  2.9999999999999997e-97  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0142  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.7 
 
 		 393 aa  355  6.999999999999999e-97  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3130  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.21 
 
 		 363 aa  354  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3634  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.32 
 
 		 367 aa  353  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0308  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.08 
 
 		 363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01200  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.16 
 
 		 370 aa  352  5e-96  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1132  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.93 
 
 		 363 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.37 
 
 		 371 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.59 
 
 		 384 aa  348  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.93 
 
 		 363 aa  346  4e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.65 
 
 		 360 aa  343  2e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.5 
 
 		 377 aa  342  5e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.1 
 
 		 371 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.57 
 
 		 373 aa  340  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  44.48 
 
 		 365 aa  338  7e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2007  hydrogenase formation HypD protein  46.87 
 
 		 368 aa  338  9e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.47 
 
 		 374 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2177  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.61 
 
 		 377 aa  335  7e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.380266 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  43.8 
 
 		 383 aa  333  4e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2778  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.01 
 
 		 363 aa  333  4e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2438  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.65 
 
 		 375 aa  325  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.841685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1762  hydrogenase expression/formation protein HypD  45 
 
 		 367 aa  324  2e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.28 
 
 		 389 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.44 
 
 		 382 aa  320  3e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.35 
 
 		 379 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.78 
 
 		 373 aa  320  3e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.36 
 
 		 352 aa  319  5e-86  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 364 aa  317  1e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.44 
 
 		 366 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.44 
 
 		 366 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.44 
 
 		 366 aa  317  1e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 373 aa  318  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  44.96 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.96 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.96 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2049  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.78 
 
 		 364 aa  317  2e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  44.96 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.89 
 
 		 364 aa  317  2e-85  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.96 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.6 
 
 		 371 aa  317  3e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.01 
 
 		 371 aa  316  3e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.3 
 
 		 376 aa  316  4e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.18 
 
 		 371 aa  316  4e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  42.97 
 
 		 396 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.69 
 
 		 373 aa  315  5e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.69 
 
 		 373 aa  315  5e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.69 
 
 		 373 aa  315  5e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.29 
 
 		 373 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.29 
 
 		 373 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.93 
 
 		 377 aa  315  9.999999999999999e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  43.21 
 
 		 382 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.02 
 
 		 373 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.39 
 
 		 368 aa  314  1.9999999999999998e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.16 
 
 		 379 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.73 
 
 		 365 aa  313  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  42.66 
 
 		 361 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.41 
 
 		 373 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.55 
 
 		 378 aa  313  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  44.35 
 
 		 375 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  44.89 
 
 		 379 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.02 
 
 		 373 aa  312  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  43.61 
 
 		 364 aa  312  5.999999999999999e-84  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.38 
 
 		 362 aa  312  5.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.02 
 
 		 373 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0389  hydrogenase formation HypD protein  44.19 
 
 		 346 aa  311  1e-83  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.483899  hitchhiker  0.0000000115047 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 402 aa  310  2e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.36 
 
 		 379 aa  310  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.47 
 
 		 370 aa  309  5e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.47 
 
 		 370 aa  309  5e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.61 
 
 		 366 aa  309  5.9999999999999995e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4509  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.25 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629717  normal  0.249783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.39 
 
 		 380 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.62 
 
 		 371 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.93 
 
 		 376 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.82 
 
 		 343 aa  305  9.000000000000001e-82  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.22 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.55 
 
 		 375 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.12 
 
 		 378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.78 
 
 		 381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.78 
 
 		 381 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.54 
 
 		 376 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.23 
 
 		 380 aa  302  5.000000000000001e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.73 
 
 		 376 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1282  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.09 
 
 		 387 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.467018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  43.13 
 
 		 375 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  42.01 
 
 		 374 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.39 
 
 		 363 aa  301  1e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0873  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.28 
 
 		 361 aa  301  1e-80  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657682  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3444  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.54 
 
 		 369 aa  301  2e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.548091 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.55 
 
 		 385 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1094  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.55 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0305053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>