182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1603 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1603  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 366 aa  734    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1275  hydrogenase formation HypD protein  63.43 
 
 		 368 aa  478  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1667  hydrogenase formation HypD protein  62.15 
 
 		 385 aa  472  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1384  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.94 
 
 		 365 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.628545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0174  hydrogenase expression/formation protein  59.22 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2487  hydrogenase formation HypD protein  59.89 
 
 		 360 aa  437  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252793 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0327  hydrogenase formation HypD protein  60.72 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0678838  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00351  Hydrogenase formation HypD protein  47.37 
 
 		 377 aa  321  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0880  hydrogenase formation HypD protein  40.17 
 
 		 366 aa  270  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825886 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1849  hydrogenase expression/formation protein  41.46 
 
 		 372 aa  265  1e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1207  hydrogenase formation HypD protein  37.64 
 
 		 372 aa  258  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.89 
 
 		 364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  37.83 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.54 
 
 		 364 aa  248  2e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.33 
 
 		 352 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1211  hypothetical protein  40.95 
 
 		 342 aa  242  6e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0842622  normal  0.019254 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.92 
 
 		 382 aa  242  7e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.07 
 
 		 359 aa  242  7e-63  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  39.26 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  39.5 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3014  hydrogenase formation HypD protein  38.78 
 
 		 349 aa  239  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.16 
 
 		 362 aa  240  4e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0682  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.39 
 
 		 359 aa  239  4e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.06 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.04 
 
 		 384 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3912  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.35 
 
 		 358 aa  238  9e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.73 
 
 		 375 aa  238  9e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  35.83 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.64 
 
 		 366 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.62 
 
 		 377 aa  236  7e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1301  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.36 
 
 		 342 aa  235  8e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00908036 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0399  hydrogenase formation HypD protein  39.04 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.268739  normal  0.656819 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  40 
 
 		 376 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  39.77 
 
 		 375 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  39.06 
 
 		 365 aa  233  5e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  38.81 
 
 		 374 aa  232  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.06 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0389  hydrogenase formation HypD protein  38.05 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.483899  hitchhiker  0.0000000115047 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0117  hydrogenase formation HypD protein  37.79 
 
 		 363 aa  230  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0205  hydrogenase formation HypD protein  38.76 
 
 		 399 aa  230  3e-59  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.0000000749019  normal  0.0529868 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1566  hydrogenase formation HypD protein  36.95 
 
 		 394 aa  230  3e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0930  hydrogenase formation HypD protein  38.97 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.85 
 
 		 376 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.79 
 
 		 373 aa  229  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  37.57 
 
 		 375 aa  229  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.59 
 
 		 376 aa  229  6e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  37.9 
 
 		 380 aa  229  8e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2111  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.14 
 
 		 375 aa  228  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304597  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.94 
 
 		 402 aa  228  1e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0502  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.09 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.04 
 
 		 370 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1851  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.06 
 
 		 341 aa  228  2e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.665082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.1 
 
 		 366 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.1 
 
 		 366 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.1 
 
 		 366 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  33.43 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.04 
 
 		 370 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0728  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.36 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.730709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1740  hydrogenase formation HypD protein  37.01 
 
 		 348 aa  227  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.65 
 
 		 381 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.65 
 
 		 381 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0654  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.36 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.17 
 
 		 366 aa  226  4e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.22 
 
 		 363 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.35 
 
 		 373 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1952  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.59 
 
 		 363 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1891  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.38 
 
 		 362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.93 
 
 		 376 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.89 
 
 		 375 aa  224  1e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.13 
 
 		 378 aa  225  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1044  hydrogenase expression/formation protein HypD  33.52 
 
 		 363 aa  224  1e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.722002  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  35.23 
 
 		 396 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.83 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2041  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.29 
 
 		 388 aa  224  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  36.59 
 
 		 380 aa  224  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.9 
 
 		 389 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1169  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.57 
 
 		 380 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.783843  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2332  hydrogenase formation HypD protein  37.21 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.32 
 
 		 379 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1287  hydrogenase formation HypD protein  37.57 
 
 		 403 aa  223  6e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.791611 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 373 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  35 
 
 		 372 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 373 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  34.94 
 
 		 373 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.94 
 
 		 373 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.94 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.73 
 
 		 379 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.75 
 
 		 380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.39 
 
 		 378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1671  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.63 
 
 		 386 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.94 
 
 		 373 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.73 
 
 		 379 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.44 
 
 		 371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.54 
 
 		 371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.94 
 
 		 373 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  34.94 
 
 		 373 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.26 
 
 		 380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>