183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2111 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2111  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 375 aa  782    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1900  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.36 
 
 		 371 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00044285 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  76.55 
 
 		 372 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2413  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.72 
 
 		 379 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.430044  hitchhiker  0.000120097 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2091  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.15 
 
 		 379 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1814  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.15 
 
 		 379 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2163  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.15 
 
 		 379 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.45 
 
 		 379 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1834  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.96 
 
 		 379 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.45 
 
 		 379 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  77.72 
 
 		 379 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1869  hydrogenase expression/formation protein HypD  76.61 
 
 		 379 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1757  hydrogenase expression/formation protein HypD  76.55 
 
 		 371 aa  597  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1671  hydrogenase expression/formation protein HypD  72.04 
 
 		 386 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2041  hydrogenase expression/formation protein HypD  64.05 
 
 		 388 aa  508  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.04 
 
 		 375 aa  496  1e-139  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  58.2 
 
 		 380 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0789  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.92 
 
 		 363 aa  433  1e-120  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.633306  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0728  hydrogenase expression/formation protein HypD  54.77 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.730709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0654  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.04 
 
 		 363 aa  428  1e-119  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1044  hydrogenase expression/formation protein HypD  55.04 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.722002  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0931  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.7 
 
 		 362 aa  425  1e-118  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.455246  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1891  hydrogenase expression/formation protein HypD  53.83 
 
 		 362 aa  420  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0873  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.73 
 
 		 361 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657682  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1094  hydrogenase expression/formation protein HypD  52.73 
 
 		 362 aa  414  1e-114  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0305053  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.14 
 
 		 377 aa  398  9.999999999999999e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  50.27 
 
 		 384 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  48.75 
 
 		 383 aa  383  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.51 
 
 		 382 aa  376  1e-103  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.01 
 
 		 376 aa  373  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.76 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.11 
 
 		 380 aa  365  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.76 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2015  hydrogenase expression/formation protein HypD  49.73 
 
 		 378 aa  363  2e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3751  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.41 
 
 		 385 aa  363  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.83 
 
 		 371 aa  363  3e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2537  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.31 
 
 		 368 aa  362  6e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2392  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.03 
 
 		 368 aa  360  2e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  45.92 
 
 		 375 aa  357  9.999999999999999e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50450  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.52 
 
 		 379 aa  357  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0216438  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2448  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.72 
 
 		 379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0276504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1539  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.54 
 
 		 380 aa  355  6.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000400183  normal  0.116221 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2485  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.59 
 
 		 378 aa  355  6.999999999999999e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1960  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.87 
 
 		 381 aa  355  7.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0715  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 381 aa  354  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0863  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.17 
 
 		 381 aa  354  2e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.948564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.63 
 
 		 377 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4099  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.54 
 
 		 376 aa  352  5e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3966  hydrogenase formation HypD protein  47.81 
 
 		 374 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  48.48 
 
 		 375 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.76 
 
 		 375 aa  350  3e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0474  hydrogenase expression/formation  43.94 
 
 		 382 aa  349  5e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982251  normal  0.264843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0537  hydrogenase formation protein HypD  43.09 
 
 		 396 aa  348  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.94 
 
 		 371 aa  348  9e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4557  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.12 
 
 		 389 aa  346  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2812  HypD' protein  45.9 
 
 		 380 aa  345  6e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.33874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2741  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 381 aa  345  8e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3759  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.66 
 
 		 376 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0049  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.13 
 
 		 364 aa  343  2.9999999999999997e-93  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.185682  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.94 
 
 		 371 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3925  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.83 
 
 		 393 aa  342  8e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.547709  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.85 
 
 		 366 aa  341  1e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.85 
 
 		 366 aa  341  1e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.47 
 
 		 366 aa  341  1e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  47.22 
 
 		 371 aa  341  1e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.21 
 
 		 374 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1282  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.22 
 
 		 387 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.467018 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  46.85 
 
 		 366 aa  340  2e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2979  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.72 
 
 		 373 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3046  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.72 
 
 		 373 aa  338  5.9999999999999996e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.0038327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3010  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.72 
 
 		 373 aa  338  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0121533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1177  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.97 
 
 		 380 aa  338  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3167  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.72 
 
 		 373 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.54116 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3062  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.72 
 
 		 373 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0891521 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2160  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.02 
 
 		 379 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  43.17 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  7e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  7e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.17 
 
 		 373 aa  335  7e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3362  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.09 
 
 		 379 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.203707 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0866  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.73 
 
 		 369 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0892  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.73 
 
 		 369 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26538  normal  0.532572 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0509  hydrogenase isoenzyme formation protein HypD  43.75 
 
 		 379 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.20958  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2361  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.13 
 
 		 367 aa  332  8e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.255752  normal  0.11293 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7252  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.41 
 
 		 376 aa  332  9e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.519076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1419  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.37 
 
 		 371 aa  331  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3063  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.8 
 
 		 365 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.454763  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2525  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.37 
 
 		 371 aa  331  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.222339  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.26 
 
 		 373 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2595  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.98 
 
 		 369 aa  330  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1169  hydrogenase expression/formation protein HypD  48.27 
 
 		 380 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.783843  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3912  hydrogenase expression/formation protein HypD  44.48 
 
 		 358 aa  329  5.0000000000000004e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  43.92 
 
 		 373 aa  329  6e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.03 
 
 		 402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0724  hydrogenase expression/formation protein HypD  45.3 
 
 		 363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>