182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1384 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1384  hydrogenase expression/formation protein HypD  100 
 
 		 365 aa  743    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.628545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1275  hydrogenase formation HypD protein  75.49 
 
 		 368 aa  552  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1667  hydrogenase formation HypD protein  71.15 
 
 		 385 aa  520  1e-146  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0174  hydrogenase expression/formation protein  65 
 
 		 379 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1603  hydrogenase expression/formation protein HypD  61.94 
 
 		 366 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2487  hydrogenase formation HypD protein  61.92 
 
 		 360 aa  463  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252793 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0327  hydrogenase formation HypD protein  65.92 
 
 		 364 aa  461  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0678838  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00351  Hydrogenase formation HypD protein  47.22 
 
 		 377 aa  329  4e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0880  hydrogenase formation HypD protein  43.3 
 
 		 366 aa  280  4e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825886 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0682  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.29 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3877  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.55 
 
 		 382 aa  259  3e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.848874  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1849  hydrogenase expression/formation protein  41.01 
 
 		 372 aa  259  4e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1140  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.5 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.703193  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1566  hydrogenase formation HypD protein  42.03 
 
 		 394 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0472  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.38 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.623296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4604  hydrogenase formation HypD protein  38.83 
 
 		 383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3878  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.91 
 
 		 365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2121  hydrogenase expression/formation protein HypD  40 
 
 		 366 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164899  normal  0.0352453 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3236  hydrogenase expression/formation protein HypD  41 
 
 		 376 aa  253  3e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2134  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.72 
 
 		 366 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.599593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2180  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.72 
 
 		 366 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.483426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0479  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.39 
 
 		 371 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.140537 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3014  hydrogenase formation HypD protein  36.55 
 
 		 349 aa  252  7e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.73 
 
 		 366 aa  252  7e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  0.745902 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1242  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.84 
 
 		 364 aa  251  1e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1096  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.24 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1207  hydrogenase formation HypD protein  36.8 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_002936  DET1434  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.59 
 
 		 364 aa  250  3e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.736513  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2888  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.38 
 
 		 370 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.270319  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0205  hydrogenase formation HypD protein  43.3 
 
 		 399 aa  250  3e-65  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.0000000749019  normal  0.0529868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3290  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.38 
 
 		 370 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.138162  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1211  hypothetical protein  40.71 
 
 		 342 aa  249  4e-65  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0842622  normal  0.019254 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00520  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.1 
 
 		 359 aa  249  5e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0399  hydrogenase formation HypD protein  42.15 
 
 		 404 aa  249  5e-65  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.268739  normal  0.656819 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2538  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.94 
 
 		 371 aa  249  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1216  hydrogenase maturation factor  36.59 
 
 		 364 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0974  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.06 
 
 		 371 aa  248  9e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.980322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3796  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.89 
 
 		 371 aa  248  9e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44763  normal  0.895026 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0530  hydrogenase formation HypD protein  41.27 
 
 		 361 aa  247  2e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1076  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.83 
 
 		 362 aa  248  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.490079  normal  0.158086 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0795  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.13 
 
 		 377 aa  248  2e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.912366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3401  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.67 
 
 		 362 aa  246  4e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2657  hydrogenase formation HypD protein  40.28 
 
 		 365 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.554139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0930  hydrogenase formation HypD protein  39.2 
 
 		 375 aa  245  9e-64  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0089  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.65 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0364  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.36 
 
 		 363 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03910  hydrogenase formation HypD protein  35.9 
 
 		 365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0389  hydrogenase formation HypD protein  38.7 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.483899  hitchhiker  0.0000000115047 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1070  hydrogenase expression/formation protein HypD  42.11 
 
 		 368 aa  242  6e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.250969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1947  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.85 
 
 		 402 aa  242  6e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0464  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.08 
 
 		 361 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0327148  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0789  hydrogenase expression/formation protein HypD  34.92 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.633306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1881  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.64 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1913  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.18 
 
 		 379 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.127789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0139  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.1 
 
 		 360 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0327705  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0502  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.77 
 
 		 342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.539415 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2413  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.6 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.430044  hitchhiker  0.000120097 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1834  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.92 
 
 		 379 aa  239  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1851  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.35 
 
 		 341 aa  239  4e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.665082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4588  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.75 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2276  hydrogenase formation HypD protein  39.67 
 
 		 365 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3202  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.7 
 
 		 373 aa  239  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1300  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.87 
 
 		 360 aa  238  8e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1906  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.35 
 
 		 379 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.306106  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0866  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.46 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0892  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.46 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26538  normal  0.532572 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1757  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.54 
 
 		 371 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0049  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.98 
 
 		 364 aa  238  1e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.185682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1643  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.65 
 
 		 373 aa  237  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3823  hydrogenase expression/formation  39.84 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.786204  normal  0.0677682 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2405  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.83 
 
 		 366 aa  238  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200766 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1287  hydrogenase formation HypD protein  42.53 
 
 		 403 aa  237  2e-61  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.791611 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2111  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.01 
 
 		 375 aa  237  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1671  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.51 
 
 		 386 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1292  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.47 
 
 		 360 aa  236  6e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1301  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.46 
 
 		 342 aa  236  6e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00908036 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08040  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.39 
 
 		 380 aa  235  7e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1615  hydrogenase formation HypD protein  40.46 
 
 		 411 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0664  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.17 
 
 		 360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.876895  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1428  hydrogenase formation HypD protein  36.86 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.719825  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2010  hydrogenase expression/formation  39.31 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.256699  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02579  HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0960  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.926062  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3981  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0931  hydrogenase expression/formation protein HypD  36.44 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.455246  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3111  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.38 
 
 		 378 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0801  hydrogenase formation HypD protein  38.7 
 
 		 363 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2332  hydrogenase formation HypD protein  38.94 
 
 		 373 aa  234  3e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0983  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02544  hypothetical protein  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2866  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2025  hydrogenase expression/formation protein HypD  35.75 
 
 		 372 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.657636  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1163  hydrogenase expression/formation protein HypD  41.4 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1384  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.87 
 
 		 360 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3148  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2854  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.422409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3017  hydrogenase expression/formation protein HypD  38.53 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4014  hydrogenase expression/formation protein HypD  39.33 
 
 		 360 aa  232  6e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.372388  normal  0.161681 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3210  hydrogenase expression/formation protein HypD  37.98 
 
 		 377 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2186  hydrogenase expression/formation protein HypD  40.11 
 
 		 374 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185739  normal  0.302113 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>