More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0546 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_0546  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
410 aa  813    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  41.89 
 
 
402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  41.42 
 
 
400 aa  276  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  41.18 
 
 
400 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  41.08 
 
 
401 aa  272  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2939  30S ribosomal protein S1  41.25 
 
 
403 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000314771  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2672  30S ribosomal protein S1  39.84 
 
 
399 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  37.6 
 
 
472 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  38.24 
 
 
492 aa  238  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  39.43 
 
 
587 aa  234  3e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  37.01 
 
 
482 aa  232  9e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  36.44 
 
 
561 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  36.44 
 
 
561 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  36.44 
 
 
561 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
576 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
576 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
576 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
576 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0750  30S ribosomal protein S1  41.44 
 
 
407 aa  229  8e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
570 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
571 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
589 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 
577 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  34.96 
 
 
571 aa  227  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  38.69 
 
 
489 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.01 
 
 
672 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.28 
 
 
677 aa  226  7e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.96 
 
 
736 aa  225  1e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 
559 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  38.08 
 
 
558 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  34.68 
 
 
573 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  39.48 
 
 
584 aa  223  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
564 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  33.87 
 
 
567 aa  223  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
564 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  37.36 
 
 
579 aa  223  6e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 
562 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  34.43 
 
 
560 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
569 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 
569 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  35.52 
 
 
560 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.99 
 
 
687 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  39.19 
 
 
584 aa  220  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.75 
 
 
654 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  34.32 
 
 
562 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  34.32 
 
 
562 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  34.93 
 
 
557 aa  219  8.999999999999998e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  36.9 
 
 
564 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  35.87 
 
 
557 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 
562 aa  218  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  37.5 
 
 
586 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  34.13 
 
 
566 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.71 
 
 
676 aa  218  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  35.97 
 
 
487 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  35.57 
 
 
561 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3673  ribosomal protein S1  39.34 
 
 
408 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0304327  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  34.96 
 
 
561 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  34.96 
 
 
561 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  36.13 
 
 
598 aa  216  7e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  34.3 
 
 
573 aa  216  8e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  34.22 
 
 
561 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 
559 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  37.07 
 
 
403 aa  215  9.999999999999999e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  34.15 
 
 
557 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 
559 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 
571 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  33.63 
 
 
577 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  35.03 
 
 
504 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  34.43 
 
 
559 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  36.02 
 
 
584 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 
558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 
558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 
558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3731  RNA binding S1 domain protein  40.15 
 
 
537 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.952675  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  34.51 
 
 
558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  34.75 
 
 
558 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  34.97 
 
 
561 aa  214  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  34.84 
 
 
571 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  32.86 
 
 
561 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  35.79 
 
 
561 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 
560 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3814  RNA binding S1 domain protein  40.15 
 
 
535 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.118914  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 
553 aa  213  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.1 
 
 
694 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  33.6 
 
 
562 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  37.16 
 
 
574 aa  213  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  36 
 
 
495 aa  212  7e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  33.58 
 
 
678 aa  212  7e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  34.5 
 
 
561 aa  213  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  34.15 
 
 
559 aa  213  7e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>