More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1610 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 487 aa  966    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  58.35 
 
 		 564 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  55.6 
 
 		 489 aa  532  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  53.25 
 
 		 482 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  49.79 
 
 		 472 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  46.36 
 
 		 492 aa  425  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.63 
 
 		 584 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 560 aa  276  7e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  37.2 
 
 		 584 aa  274  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 		 555 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  271  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  36.93 
 
 		 561 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  34.67 
 
 		 574 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  271  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 		 555 aa  270  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 559 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  35.4 
 
 		 553 aa  267  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  36.93 
 
 		 558 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  35.75 
 
 		 559 aa  266  5e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  37.39 
 
 		 559 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 		 555 aa  266  5e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 555 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 		 558 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 		 558 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  36.7 
 
 		 558 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 559 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 559 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  33.92 
 
 		 577 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 560 aa  264  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.24 
 
 		 557 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  34.9 
 
 		 573 aa  263  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  35.55 
 
 		 555 aa  263  6e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  35.02 
 
 		 560 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.18 
 
 		 584 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  35.79 
 
 		 560 aa  260  4e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  32.52 
 
 		 577 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  36.25 
 
 		 504 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  32.88 
 
 		 644 aa  259  7e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 563 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 563 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  36.32 
 
 		 563 aa  258  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  36.32 
 
 		 563 aa  258  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 		 556 aa  259  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  35.78 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  36.01 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  35.78 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  34.63 
 
 		 560 aa  256  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  35.28 
 
 		 579 aa  257  4e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  35.55 
 
 		 557 aa  256  6e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  39.18 
 
 		 402 aa  256  8e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  33.63 
 
 		 575 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 		 547 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  33.91 
 
 		 619 aa  254  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  34.17 
 
 		 558 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 569 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 569 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.66 
 
 		 596 aa  253  5.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  34.1 
 
 		 558 aa  253  6e-66  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 561 aa  253  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  41.1 
 
 		 400 aa  253  8.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  35.02 
 
 		 568 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  35.75 
 
 		 567 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  35.02 
 
 		 568 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  33.86 
 
 		 593 aa  250  4e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 557 aa  250  5e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  38.7 
 
 		 401 aa  250  5e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 576 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 		 400 aa  249  7e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 576 aa  249  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 576 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 570 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 576 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  33.26 
 
 		 558 aa  249  9e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  33.26 
 
 		 558 aa  249  9e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 		 559 aa  249  9e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  34.01 
 
 		 570 aa  249  9e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 589 aa  249  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 559 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 571 aa  249  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  35.21 
 
 		 577 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 		 563 aa  248  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>