More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2672 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2672  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 399 aa  799    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2939  30S ribosomal protein S1  57.58 
 
 		 403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000314771  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  54.96 
 
 		 400 aa  431  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  51.87 
 
 		 402 aa  429  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  53.62 
 
 		 401 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  54.71 
 
 		 400 aa  429  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0750  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 407 aa  360  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  37.72 
 
 		 472 aa  250  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  37.04 
 
 		 487 aa  249  8e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  39.38 
 
 		 573 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  36.87 
 
 		 564 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  38.66 
 
 		 561 aa  235  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  37.79 
 
 		 560 aa  229  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 		 489 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 561 aa  227  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  36.55 
 
 		 584 aa  226  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.55 
 
 		 584 aa  226  8e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  39.08 
 
 		 563 aa  225  9e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0546  RNA binding S1 domain protein  37.78 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  34.3 
 
 		 560 aa  223  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  35.98 
 
 		 573 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  35.17 
 
 		 560 aa  219  5e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 560 aa  219  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  35.42 
 
 		 555 aa  219  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  34.83 
 
 		 575 aa  219  6e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 559 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  33.52 
 
 		 596 aa  219  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 558 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 558 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 558 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 		 558 aa  219  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 558 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  35.08 
 
 		 555 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 559 aa  219  8.999999999999998e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 559 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.72 
 
 		 584 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 559 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  35.55 
 
 		 577 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 555 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  36.05 
 
 		 556 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  33.8 
 
 		 720 aa  218  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  34.78 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  34.82 
 
 		 555 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 555 aa  216  4e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  34.22 
 
 		 561 aa  215  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 569 aa  215  9e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 569 aa  215  9e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  34.13 
 
 		 492 aa  215  9e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  34.55 
 
 		 555 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 		 560 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  35.07 
 
 		 567 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  34.39 
 
 		 577 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  34.55 
 
 		 555 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  33.69 
 
 		 561 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  35.75 
 
 		 579 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  35.09 
 
 		 608 aa  213  3.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 		 573 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  34.13 
 
 		 557 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 		 555 aa  212  9e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 		 574 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  32.89 
 
 		 557 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  36.39 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  36.39 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  34.68 
 
 		 561 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  33.95 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  34.3 
 
 		 558 aa  211  2e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  33.97 
 
 		 559 aa  211  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  34.39 
 
 		 563 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  34.39 
 
 		 563 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  36.99 
 
 		 570 aa  210  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.66 
 
 		 676 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  35.09 
 
 		 556 aa  209  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  35.17 
 
 		 559 aa  209  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  33.72 
 
 		 570 aa  209  7e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  35.07 
 
 		 568 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  35.07 
 
 		 568 aa  209  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  34.59 
 
 		 557 aa  209  9e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  35.63 
 
 		 565 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  33.8 
 
 		 547 aa  209  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  36.21 
 
 		 556 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  35.62 
 
 		 678 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.21 
 
 		 556 aa  209  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.21 
 
 		 556 aa  208  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 551 aa  208  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  35.45 
 
 		 569 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 555 aa  208  2e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 		 557 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 		 557 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 		 557 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 		 557 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>