More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1200 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 402 aa  801    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  71.89 
 
 		 401 aa  592  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2939  30S ribosomal protein S1  65.89 
 
 		 403 aa  525  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000314771  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  60.5 
 
 		 400 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  60.5 
 
 		 400 aa  491  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2672  30S ribosomal protein S1  52.28 
 
 		 399 aa  412  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0750  30S ribosomal protein S1  58.1 
 
 		 407 aa  401  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  45.04 
 
 		 472 aa  297  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 564 aa  281  1e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  41.09 
 
 		 489 aa  263  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0546  RNA binding S1 domain protein  40.68 
 
 		 410 aa  261  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  39.18 
 
 		 487 aa  256  7e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  38.67 
 
 		 482 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  38.86 
 
 		 560 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  38.69 
 
 		 492 aa  246  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  39.02 
 
 		 561 aa  246  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.72 
 
 		 676 aa  242  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.54 
 
 		 677 aa  239  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 		 558 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 		 558 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 		 558 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 		 558 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 573 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 		 584 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 		 584 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  35.26 
 
 		 559 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  35.26 
 
 		 559 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  34.84 
 
 		 560 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 558 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 		 558 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 559 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  35.88 
 
 		 559 aa  234  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 560 aa  233  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 559 aa  232  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.09 
 
 		 557 aa  232  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 547 aa  232  1e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  37.28 
 
 		 563 aa  230  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  35.55 
 
 		 560 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  35.38 
 
 		 559 aa  230  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 561 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  36.41 
 
 		 555 aa  229  8e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  229  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 561 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 561 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  34.93 
 
 		 566 aa  228  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  36 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  37.23 
 
 		 579 aa  227  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 560 aa  227  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 562 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 563 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 563 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 567 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  35.88 
 
 		 573 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 564 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 564 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 555 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  35.8 
 
 		 561 aa  226  7e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 562 aa  226  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 562 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.36 
 
 		 584 aa  225  9e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 561 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 569 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  36.42 
 
 		 569 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  36 
 
 		 555 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 561 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 561 aa  223  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  36 
 
 		 555 aa  224  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 576 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 576 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 576 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 576 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  35.31 
 
 		 561 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  34.97 
 
 		 558 aa  223  6e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  34.97 
 
 		 558 aa  223  6e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  34.86 
 
 		 562 aa  222  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  35.14 
 
 		 570 aa  223  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  32.98 
 
 		 558 aa  222  7e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  36 
 
 		 555 aa  223  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  35.69 
 
 		 556 aa  222  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  35.69 
 
 		 556 aa  222  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>