More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0309 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 564 aa  1120    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  58.35 
 
 		 487 aa  599  1e-170  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  49.72 
 
 		 482 aa  509  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  50.22 
 
 		 489 aa  474  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  48.61 
 
 		 472 aa  462  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  42.75 
 
 		 492 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.76 
 
 		 584 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  36.76 
 
 		 584 aa  291  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 402 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  37.19 
 
 		 547 aa  276  7e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  35.63 
 
 		 584 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  34.61 
 
 		 577 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  33.15 
 
 		 598 aa  270  2.9999999999999997e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  31.91 
 
 		 574 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  35.6 
 
 		 569 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  35.6 
 
 		 569 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  34.92 
 
 		 555 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  34.89 
 
 		 573 aa  266  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  35.75 
 
 		 560 aa  266  7e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  42.47 
 
 		 400 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  34.92 
 
 		 555 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 		 401 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  33.65 
 
 		 575 aa  266  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  35.15 
 
 		 555 aa  266  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 569 aa  265  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 569 aa  264  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  264  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  41.92 
 
 		 400 aa  263  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 557 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  35.01 
 
 		 504 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  33.84 
 
 		 553 aa  262  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  33.69 
 
 		 582 aa  262  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  262  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  262  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  262  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  35.07 
 
 		 579 aa  262  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  34.29 
 
 		 567 aa  261  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  34.26 
 
 		 573 aa  261  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  33.79 
 
 		 557 aa  261  3e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 555 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  259  6e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  32.85 
 
 		 577 aa  259  6e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  34.08 
 
 		 559 aa  259  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 566 aa  259  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  33.63 
 
 		 558 aa  259  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 555 aa  259  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  33.63 
 
 		 558 aa  258  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  33.77 
 
 		 560 aa  258  2e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 		 570 aa  258  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  35.15 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  34.77 
 
 		 569 aa  258  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 		 570 aa  258  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  35.36 
 
 		 570 aa  257  4e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 568 aa  257  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 568 aa  257  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  32.27 
 
 		 566 aa  257  4e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  33.73 
 
 		 593 aa  257  4e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  33.56 
 
 		 555 aa  257  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  33.63 
 
 		 720 aa  257  5e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 561 aa  257  5e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 		 570 aa  256  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  35 
 
 		 570 aa  256  9e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  34.38 
 
 		 608 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 561 aa  256  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  30.36 
 
 		 596 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 558 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 556 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  34.01 
 
 		 558 aa  253  5.000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  34.01 
 
 		 558 aa  253  5.000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  34.69 
 
 		 556 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  32.59 
 
 		 565 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  34.47 
 
 		 557 aa  253  9.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  33.33 
 
 		 556 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  34.24 
 
 		 556 aa  252  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  33.97 
 
 		 577 aa  252  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  33.41 
 
 		 558 aa  253  1e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  32.71 
 
 		 609 aa  252  1e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  32.1 
 
 		 565 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  33.79 
 
 		 561 aa  252  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 570 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  34.01 
 
 		 562 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 576 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 570 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  32.75 
 
 		 567 aa  251  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 570 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 557 aa  251  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 570 aa  251  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 570 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 576 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  32.32 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 576 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  33.78 
 
 		 571 aa  251  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  32.29 
 
 		 576 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>