More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1893 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  100 
 
 
920 aa  1835    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0512  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
945 aa  309  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683796  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2164  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
941 aa  301  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0320639 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2423  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.81 
 
 
670 aa  290  7e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.808174  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 
991 aa  201  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  29.64 
 
 
1268 aa  200  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  26.01 
 
 
824 aa  194  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.13 
 
 
1275 aa  191  5e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
661 aa  191  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.96 
 
 
1309 aa  189  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  27.8 
 
 
882 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.59 
 
 
814 aa  186  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.866808 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.3 
 
 
953 aa  186  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  33.25 
 
 
1109 aa  184  7e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 
774 aa  181  7e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  25.93 
 
 
1561 aa  180  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.38 
 
 
743 aa  180  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0550  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.14 
 
 
540 aa  180  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0519596 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0536  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.04 
 
 
531 aa  179  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
508 aa  178  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0672  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.45 
 
 
770 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.35 
 
 
849 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 
819 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.09 
 
 
1418 aa  176  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2731  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.16 
 
 
1007 aa  176  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.48 
 
 
981 aa  175  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1796  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.08 
 
 
871 aa  175  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000183002  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1787  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 
931 aa  173  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 
795 aa  173  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
766 aa  173  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0685  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 
770 aa  172  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000495863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1224 aa  172  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
752 aa  172  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 
1113 aa  172  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.34 
 
 
749 aa  172  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.116264 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  26.91 
 
 
812 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.39 
 
 
916 aa  171  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.64 
 
 
1108 aa  171  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.93 
 
 
1509 aa  171  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 
1428 aa  170  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
753 aa  170  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 
721 aa  170  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  26.26 
 
 
793 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.14 
 
 
750 aa  169  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129426  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
1419 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
812 aa  168  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2908  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 
860 aa  168  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
1047 aa  168  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 
584 aa  168  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.31 
 
 
647 aa  168  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.1 
 
 
776 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 
1193 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.48 
 
 
1184 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
587 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  29.51 
 
 
587 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  34.22 
 
 
1164 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1415 aa  167  8e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  29.26 
 
 
1112 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  31.58 
 
 
1427 aa  167  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
983 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 
943 aa  166  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.84 
 
 
1081 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 
639 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1075  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
829 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.46099e-33 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.02 
 
 
585 aa  165  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.63 
 
 
810 aa  165  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000530681 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.94 
 
 
869 aa  165  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
642 aa  166  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.77 
 
 
926 aa  165  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2725  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.3 
 
 
834 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0569323  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.65 
 
 
668 aa  164  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 
1164 aa  164  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  31.33 
 
 
533 aa  164  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4629  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.43 
 
 
841 aa  164  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 
642 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.99 
 
 
559 aa  164  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.1 
 
 
1184 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1047 aa  164  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.68 
 
 
886 aa  163  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 
650 aa  163  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
643 aa  164  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0716  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.22 
 
 
890 aa  163  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1057 aa  163  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  31.39 
 
 
716 aa  163  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1426 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  29.58 
 
 
866 aa  162  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 
1338 aa  162  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  31.44 
 
 
945 aa  162  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  29.79 
 
 
851 aa  162  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
1279 aa  162  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  31.75 
 
 
936 aa  162  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1486  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
886 aa  162  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 
1215 aa  161  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.03 
 
 
1260 aa  162  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.38 
 
 
845 aa  162  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.81 
 
 
1021 aa  162  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.99 
 
 
1102 aa  162  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.18 
 
 
571 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 
851 aa  161  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 
847 aa  161  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.138459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>