122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1034 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1034  transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  352  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.442901 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00101  transcriptional regulator, LuxR family protein  42.71 
 
 		 169 aa  84.3  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1945  hypothetical protein  29.22 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3443  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3794  LuxR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3914  response regulator receiver protein  49.35 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0257494  normal  0.794446 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3851  transcriptional regulator, LuxR family  50.72 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.321989  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3937  transcriptional regulator, LuxR family  50.72 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.59446  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2495  response regulator receiver protein  38.3 
 
 		 163 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1339  transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 188 aa  74.3  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.919185 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4298  response regulator receiver protein  30.19 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4438  LuxR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0102  response regulator receiver protein  30.19 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3948  LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3855  LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4063  LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4243  transcriptional regulator, LuxR family  29.56 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3763  LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.415447 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3890  transcriptional regulator, LuxR family protein  36.59 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1748  transcriptional regulator, LuxR family  37.14 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  0.455372 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 212 aa  52.4  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 363 aa  50.8  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 240 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  44.44 
 
 		 240 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02650  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.59 
 
 		 505 aa  49.3  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 363 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 363 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 363 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 377 aa  48.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0473  transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 488 aa  47  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.815594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  36.49 
 
 		 216 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 267 aa  46.2  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2191  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 374 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.218442  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3664  regulatory protein, LuxR  35.2 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  37.5 
 
 		 919 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 213 aa  45.4  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1291  transcriptional regulator, LuxR family  27.74 
 
 		 300 aa  45.8  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.979242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 378 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 394 aa  45.1  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 919 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  40 
 
 		 919 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 209 aa  45.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1687  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 376 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1758  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 374 aa  44.7  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  38.57 
 
 		 929 aa  44.7  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0406  transcriptional regulator, LuxR family  35.63 
 
 		 486 aa  44.3  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0269651 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0108  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 493 aa  44.3  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.44109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6272  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 394 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 391 aa  43.9  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  40.62 
 
 		 904 aa  43.9  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 363 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1389  transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 		 320 aa  43.9  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  31.37 
 
 		 284 aa  43.9  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.12 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3529  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 324 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0854004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 405 aa  43.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1236  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 208 aa  43.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.23752  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0976  transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 501 aa  43.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.018057 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 240 aa  43.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  34.78 
 
 		 376 aa  43.5  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 397 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 267 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 370 aa  43.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3420  LuxR family DNA-binding response regulator  40.38 
 
 		 216 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0475  regulatory protein LuxR  43.14 
 
 		 271 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 228 aa  42.4  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1159  two component LuxR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 209 aa  42.4  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.942847  normal  0.660482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 882 aa  42.7  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 217 aa  42.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00712  putative regulator in two-component regulatory system ; LuxR family protein  36.23 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169527  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 226 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 394 aa  42  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 368 aa  42.4  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  42.11 
 
 		 209 aa  42  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 209 aa  42.4  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 224 aa  42  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10150  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.55 
 
 		 483 aa  42.4  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.906615  hitchhiker  0.00359447 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0435  transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 470 aa  42  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000202079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02209  transcriptional regulator AhyR/AsaR family  36.49 
 
 		 254 aa  42.4  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0933251  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 275 aa  42  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 		 213 aa  42  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1249  response regulator  35.23 
 
 		 245 aa  42  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0947405  normal  0.0892263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8900  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 221 aa  42  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.967084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16610  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.18 
 
 		 491 aa  42  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0119595  normal  0.714327 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06250  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.08 
 
 		 228 aa  42  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1613  transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 126 aa  41.6  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0395666  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 258 aa  41.6  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  35.48 
 
 		 879 aa  41.6  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 219 aa  41.6  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2290  transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 493 aa  41.6  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.10968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 180 aa  41.6  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0565  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 213 aa  41.2  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 188 aa  41.2  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2324  DNA-binding response regulator  29.21 
 
 		 217 aa  41.2  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  37.5 
 
 		 933 aa  41.2  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 220 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  35.48 
 
 		 226 aa  41.2  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 220 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>