44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1945 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1945  hypothetical protein  100 
 
 		 163 aa  331  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3948  LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3855  LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 181 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3890  transcriptional regulator, LuxR family protein  54.32 
 
 		 174 aa  181  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4063  LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 181 aa  181  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4243  transcriptional regulator, LuxR family  51.85 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4438  LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 181 aa  178  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3763  LuxR family transcriptional regulator  50.93 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.415447 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0102  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 175 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4298  response regulator receiver protein  51.85 
 
 		 181 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00101  transcriptional regulator, LuxR family protein  51.23 
 
 		 169 aa  176  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2495  response regulator receiver protein  40.37 
 
 		 163 aa  132  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3443  LuxR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 154 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3937  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 206 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.59446  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3851  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 206 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.321989  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3794  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1339  transcriptional regulator, LuxR family  48.78 
 
 		 188 aa  89.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.919185 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3914  response regulator receiver protein  54.29 
 
 		 208 aa  84  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0257494  normal  0.794446 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1034  transcriptional regulator  27.98 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.442901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1748  transcriptional regulator, LuxR family  32.8 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  0.455372 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3529  transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 324 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0854004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 514 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 514 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  28.28 
 
 		 337 aa  43.9  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  34.43 
 
 		 225 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 510 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 894 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 510 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 225 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  42.37 
 
 		 215 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1403  hypothetical protein  30.65 
 
 		 252 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  42.37 
 
 		 215 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  42.37 
 
 		 215 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 514 aa  42.4  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 510 aa  42.4  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  42.37 
 
 		 215 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  38.6 
 
 		 496 aa  42  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 491 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45539  diatom response regulator 1  27.18 
 
 		 319 aa  40.8  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 217 aa  40.8  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1249  response regulator  35.94 
 
 		 245 aa  40.8  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0947405  normal  0.0892263 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 232 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>