256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0403 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  100 
 
 		 773 aa  1595    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  59.43 
 
 		 762 aa  924    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  54.7 
 
 		 759 aa  847    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5000  membrane-bound dehydrogenase domain protein  42.68 
 
 		 749 aa  548  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.652472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  40.59 
 
 		 852 aa  404  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4998  cytochrome c class I  29.7 
 
 		 756 aa  283  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0614505  normal  0.826099 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0358  membrane-bound dehydrogenase domain protein  30.56 
 
 		 712 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0332  membrane-bound dehydrogenase domain protein  29.26 
 
 		 705 aa  170  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.73 
 
 		 1180 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  29.52 
 
 		 1171 aa  140  7.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.45 
 
 		 1055 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  23.74 
 
 		 1068 aa  137  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.1 
 
 		 1274 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.42 
 
 		 1265 aa  118  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5811  membrane-bound dehydrogenase domain protein  25 
 
 		 1040 aa  99.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  40.31 
 
 		 222 aa  99  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4779  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.42 
 
 		 1162 aa  98.2  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.28 
 
 		 1503 aa  97.1  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1564  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.89 
 
 		 1193 aa  95.9  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0902  heme-binding protein  22.24 
 
 		 1139 aa  94.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0666  membrane-bound dehydrogenase domain protein  23.15 
 
 		 1181 aa  94.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0279  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.14 
 
 		 1286 aa  94.4  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.624688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  37.41 
 
 		 577 aa  92.8  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0029  membrane-bound dehydrogenase domain protein  23.7 
 
 		 1201 aa  90.5  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167421  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1373  membrane-bound dehydrogenase domain protein  25.33 
 
 		 1149 aa  89.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.376333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3055  membrane-bound dehydrogenase domain protein  26.35 
 
 		 868 aa  88.2  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.91 
 
 		 147 aa  85.5  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  42.2 
 
 		 161 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  37.07 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  33.91 
 
 		 149 aa  82  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3060  membrane-bound dehydrogenase domain protein  23.89 
 
 		 1027 aa  82  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.329582  normal  0.577758 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.17 
 
 		 601 aa  81.6  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  36.22 
 
 		 202 aa  81.6  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  38.68 
 
 		 202 aa  81.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  38.28 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  37.21 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  31.54 
 
 		 510 aa  80.9  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  35.14 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  40 
 
 		 142 aa  80.9  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  35.14 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0353  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.9 
 
 		 1390 aa  80.5  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  36.72 
 
 		 205 aa  80.5  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  38.74 
 
 		 587 aa  80.1  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  37.84 
 
 		 481 aa  79  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  34.86 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  34.86 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  34.86 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  34.86 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  33.94 
 
 		 520 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  33.94 
 
 		 520 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  33.94 
 
 		 516 aa  77  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  33.61 
 
 		 516 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  34.86 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2734  membrane-bound dehydrogenase domain protein  22.24 
 
 		 1084 aa  75.5  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.552836  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3707  membrane-bound dehydrogenase domain protein  20.83 
 
 		 968 aa  75.1  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6338  membrane-bound dehydrogenase domain protein  22.44 
 
 		 957 aa  74.7  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  31.5 
 
 		 202 aa  73.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5487  membrane-bound dehydrogenase domain protein  22.91 
 
 		 1023 aa  72.4  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.181879 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2513  hypothetical protein  35.45 
 
 		 140 aa  72  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1787  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  33.04 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  33.93 
 
 		 197 aa  68.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  32.5 
 
 		 136 aa  67.8  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  29.06 
 
 		 150 aa  67.4  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5782  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  32.73 
 
 		 338 aa  66.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00253495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1876  hypothetical protein  35.65 
 
 		 775 aa  65.5  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  31.45 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  33.64 
 
 		 268 aa  63.9  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5354  membrane-bound dehydrogenase domain protein  21.86 
 
 		 951 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  29.5 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  31.93 
 
 		 158 aa  62.4  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  38.18 
 
 		 439 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.91 
 
 		 530 aa  62  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5206  cytochrome c class I  32.23 
 
 		 145 aa  61.6  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  23.79 
 
 		 554 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  37.39 
 
 		 439 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.27 
 
 		 440 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  36 
 
 		 151 aa  60.1  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  35.54 
 
 		 463 aa  60.1  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  26.62 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  31.5 
 
 		 469 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  34.43 
 
 		 147 aa  58.9  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.45 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  32.43 
 
 		 548 aa  58.9  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0656  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.26 
 
 		 1306 aa  58.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0724303 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  34.51 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  31.45 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.14 
 
 		 448 aa  58.2  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  28.8 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.7 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.04 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  28.41 
 
 		 429 aa  57  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  35 
 
 		 150 aa  57.4  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  27.52 
 
 		 139 aa  56.2  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  27.94 
 
 		 375 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.63 
 
 		 448 aa  56.2  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  30 
 
 		 675 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.82 
 
 		 537 aa  55.8  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.36 
 
 		 439 aa  55.8  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 438 aa  55.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  27.83 
 
 		 698 aa  55.5  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>