More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3348 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  57.32 
 
 		 601 aa  688    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  100 
 
 		 587 aa  1212    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  60.67 
 
 		 577 aa  735    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  52.2 
 
 		 430 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  49.3 
 
 		 434 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  48.82 
 
 		 457 aa  388  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  38.95 
 
 		 548 aa  379  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  46.31 
 
 		 423 aa  349  8e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  43.05 
 
 		 427 aa  336  7.999999999999999e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  44.53 
 
 		 437 aa  331  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  43.72 
 
 		 436 aa  320  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  37.85 
 
 		 621 aa  310  5e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.34 
 
 		 602 aa  287  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.42 
 
 		 587 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.05 
 
 		 592 aa  278  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  29.58 
 
 		 411 aa  144  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  29.05 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  29.1 
 
 		 363 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  28.4 
 
 		 617 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  29.62 
 
 		 438 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  29.4 
 
 		 410 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.58 
 
 		 391 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  28.34 
 
 		 381 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  29.24 
 
 		 448 aa  127  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  27.29 
 
 		 396 aa  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.24 
 
 		 420 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.27 
 
 		 379 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  28.09 
 
 		 446 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.28 
 
 		 388 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  28.5 
 
 		 421 aa  120  7e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  30.22 
 
 		 433 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.58 
 
 		 391 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.57 
 
 		 369 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.67 
 
 		 373 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  27.41 
 
 		 460 aa  117  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.67 
 
 		 380 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  28.68 
 
 		 439 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  28.2 
 
 		 423 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.07 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  23.02 
 
 		 394 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  36.16 
 
 		 422 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  27.79 
 
 		 418 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.98 
 
 		 361 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.21 
 
 		 369 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.34 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.97 
 
 		 380 aa  114  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  30.66 
 
 		 442 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  26.81 
 
 		 398 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  27.29 
 
 		 445 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.25 
 
 		 391 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.64 
 
 		 390 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25 
 
 		 391 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  25.37 
 
 		 436 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  28.91 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.21 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.8 
 
 		 391 aa  111  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.64 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  27.8 
 
 		 408 aa  110  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.64 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  28.91 
 
 		 430 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.41 
 
 		 390 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.29 
 
 		 456 aa  109  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  30.5 
 
 		 448 aa  109  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 161 aa  109  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.31 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  26.68 
 
 		 437 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.68 
 
 		 371 aa  108  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  28.1 
 
 		 430 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  26.73 
 
 		 439 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  26.81 
 
 		 446 aa  108  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.23 
 
 		 391 aa  107  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  28.41 
 
 		 446 aa  106  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.8 
 
 		 387 aa  107  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.76 
 
 		 362 aa  106  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  26.79 
 
 		 439 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  25.74 
 
 		 371 aa  105  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.18 
 
 		 448 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  28.3 
 
 		 430 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  27.98 
 
 		 446 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  51.4 
 
 		 1068 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  28.15 
 
 		 424 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  29.07 
 
 		 514 aa  102  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  25 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  28.73 
 
 		 446 aa  101  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  27.68 
 
 		 454 aa  101  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  49 
 
 		 142 aa  100  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  28 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  27.83 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.56 
 
 		 403 aa  100  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.56 
 
 		 403 aa  100  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  27.48 
 
 		 452 aa  100  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  26.77 
 
 		 430 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  28.13 
 
 		 444 aa  99  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  28.49 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.43 
 
 		 419 aa  99.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  25.75 
 
 		 357 aa  99  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  27.7 
 
 		 525 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  32.23 
 
 		 436 aa  98.6  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  27.04 
 
 		 451 aa  98.6  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>