197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1973 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 436 aa  898    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  65.05 
 
 		 437 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  54.4 
 
 		 434 aa  474  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  54.1 
 
 		 427 aa  409  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  46.15 
 
 		 430 aa  375  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  45.81 
 
 		 457 aa  346  4e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  41.39 
 
 		 577 aa  320  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  44.75 
 
 		 601 aa  319  6e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  43.47 
 
 		 587 aa  302  8.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  41.88 
 
 		 423 aa  300  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  38.81 
 
 		 621 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.93 
 
 		 587 aa  273  3e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  41.13 
 
 		 602 aa  273  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  38.35 
 
 		 548 aa  264  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.66 
 
 		 592 aa  259  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  30.46 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.21 
 
 		 617 aa  152  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  31.36 
 
 		 363 aa  146  8.000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  32.78 
 
 		 448 aa  146  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  31.09 
 
 		 421 aa  144  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  29.5 
 
 		 418 aa  144  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  30.3 
 
 		 423 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  30.37 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  30.3 
 
 		 410 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.9 
 
 		 371 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  30.2 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.44 
 
 		 420 aa  137  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  30.15 
 
 		 446 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  27.41 
 
 		 411 aa  137  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.17 
 
 		 391 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  30.08 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  25.71 
 
 		 398 aa  127  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.56 
 
 		 379 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.18 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  31.8 
 
 		 439 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.49 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.53 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.9 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.97 
 
 		 386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  30.64 
 
 		 433 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.72 
 
 		 361 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  26.84 
 
 		 460 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.26 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  31.15 
 
 		 422 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.52 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.52 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.34 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25 
 
 		 391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  25 
 
 		 394 aa  117  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.94 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.23 
 
 		 387 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.94 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.94 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  28.81 
 
 		 438 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  26.38 
 
 		 384 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.7 
 
 		 390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.34 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.34 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.21 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.37 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  28.7 
 
 		 442 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.46 
 
 		 362 aa  113  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.69 
 
 		 419 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  27.63 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.07 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  28.71 
 
 		 448 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.07 
 
 		 369 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  27.38 
 
 		 430 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.46 
 
 		 436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.42 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  23.93 
 
 		 391 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  27.63 
 
 		 446 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  26.89 
 
 		 389 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.28 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  26.58 
 
 		 436 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  26.89 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.06 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  28.95 
 
 		 448 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  27.09 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  27.23 
 
 		 514 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  27.09 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  26.91 
 
 		 448 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  28.61 
 
 		 445 aa  107  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0496  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  28.47 
 
 		 428 aa  106  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0409715  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  27.3 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  27.63 
 
 		 430 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.3 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  27.45 
 
 		 446 aa  106  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  29.45 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  29.18 
 
 		 439 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  28.9 
 
 		 439 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  27.07 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  27.64 
 
 		 446 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  26.33 
 
 		 448 aa  104  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1682  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.51 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  26.94 
 
 		 394 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  26.35 
 
 		 408 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  26.92 
 
 		 447 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.79 
 
 		 357 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  27.51 
 
 		 430 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>