288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1406 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  100 
 
 		 587 aa  1189    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  68.98 
 
 		 592 aa  752    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  70.71 
 
 		 602 aa  790    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  61.69 
 
 		 621 aa  697    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  46.36 
 
 		 430 aa  363  6e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  45.48 
 
 		 457 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  46.83 
 
 		 423 aa  349  1e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  41.65 
 
 		 434 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  35.77 
 
 		 577 aa  322  9.999999999999999e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.03 
 
 		 601 aa  316  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  39.46 
 
 		 427 aa  290  4e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  36.73 
 
 		 437 aa  278  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  38.73 
 
 		 436 aa  271  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  34.87 
 
 		 587 aa  271  2e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  34.01 
 
 		 548 aa  264  3e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  34.91 
 
 		 363 aa  189  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  31.09 
 
 		 418 aa  163  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  33 
 
 		 460 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  30.56 
 
 		 381 aa  155  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.6 
 
 		 436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  29.82 
 
 		 384 aa  150  7e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.73 
 
 		 391 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29 
 
 		 371 aa  146  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  28.89 
 
 		 446 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  31.44 
 
 		 617 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  30.84 
 
 		 423 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  33.17 
 
 		 396 aa  144  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.51 
 
 		 424 aa  144  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  30.29 
 
 		 408 aa  144  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  30.98 
 
 		 411 aa  143  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.89 
 
 		 386 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.54 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.25 
 
 		 387 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.92 
 
 		 403 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.92 
 
 		 403 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.38 
 
 		 456 aa  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.02 
 
 		 373 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.48 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  28.99 
 
 		 363 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.93 
 
 		 371 aa  139  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.61 
 
 		 390 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.61 
 
 		 390 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.62 
 
 		 379 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.28 
 
 		 388 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.74 
 
 		 391 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.54 
 
 		 391 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.36 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.36 
 
 		 390 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.14 
 
 		 369 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  29.6 
 
 		 394 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.64 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.39 
 
 		 380 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.25 
 
 		 367 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.93 
 
 		 361 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  30.38 
 
 		 438 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.78 
 
 		 391 aa  133  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.78 
 
 		 391 aa  133  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  28.5 
 
 		 363 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  29.58 
 
 		 446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  30.43 
 
 		 442 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  29.63 
 
 		 410 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.95 
 
 		 466 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  30.68 
 
 		 448 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  29.51 
 
 		 438 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  28.61 
 
 		 394 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  28.6 
 
 		 448 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.02 
 
 		 419 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  28.64 
 
 		 435 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.36 
 
 		 380 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  27.71 
 
 		 421 aa  129  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  28.44 
 
 		 448 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  28.94 
 
 		 446 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  29.9 
 
 		 430 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  29.23 
 
 		 440 aa  127  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  27.48 
 
 		 430 aa  127  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  29.66 
 
 		 437 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  29.53 
 
 		 389 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.98 
 
 		 391 aa  126  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  29.53 
 
 		 372 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.22 
 
 		 433 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  29.9 
 
 		 448 aa  126  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  29.53 
 
 		 355 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  27.98 
 
 		 448 aa  126  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  29.16 
 
 		 430 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  28.05 
 
 		 394 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  29.16 
 
 		 430 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  27.93 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  27.73 
 
 		 642 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.25 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  29.31 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  29.78 
 
 		 452 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  26.58 
 
 		 438 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  29.25 
 
 		 379 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.25 
 
 		 379 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  29.07 
 
 		 398 aa  123  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  27.37 
 
 		 473 aa  123  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.98 
 
 		 448 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  28.01 
 
 		 437 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.52 
 
 		 417 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  29.5 
 
 		 379 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>