207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1954 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  77.86 
 
 		 430 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  79.13 
 
 		 430 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  77.67 
 
 		 430 aa  697    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  77.21 
 
 		 430 aa  697    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  79.25 
 
 		 430 aa  704    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  100 
 
 		 433 aa  879    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  78.09 
 
 		 430 aa  694    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  71.02 
 
 		 473 aa  621  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  52.52 
 
 		 446 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  53.5 
 
 		 444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  55.68 
 
 		 446 aa  450  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  53.15 
 
 		 435 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  51.9 
 
 		 452 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  51.03 
 
 		 445 aa  432  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  51.31 
 
 		 446 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  54.77 
 
 		 440 aa  425  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  51.97 
 
 		 439 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  50.57 
 
 		 442 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  50.34 
 
 		 442 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  51.28 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  51.62 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  51.98 
 
 		 439 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  52.21 
 
 		 461 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  50.94 
 
 		 437 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  49.44 
 
 		 447 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  51.06 
 
 		 454 aa  417  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  49.89 
 
 		 442 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  50.87 
 
 		 448 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  50.62 
 
 		 448 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  51.11 
 
 		 456 aa  413  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  54.28 
 
 		 485 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  54.28 
 
 		 485 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  50 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  50.11 
 
 		 447 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  50.47 
 
 		 514 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  50.12 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  52.05 
 
 		 525 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  51.18 
 
 		 446 aa  408  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  50.23 
 
 		 438 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  49.53 
 
 		 465 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  48.6 
 
 		 448 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  48.24 
 
 		 454 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  51.56 
 
 		 451 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  45.7 
 
 		 448 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  46.9 
 
 		 439 aa  371  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  48.04 
 
 		 436 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  50.27 
 
 		 433 aa  363  3e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  48.14 
 
 		 429 aa  357  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  46.13 
 
 		 422 aa  349  6e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  44.37 
 
 		 438 aa  347  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.99 
 
 		 438 aa  344  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  42.08 
 
 		 420 aa  344  2e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  46.28 
 
 		 447 aa  343  4e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  45.79 
 
 		 429 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  44.44 
 
 		 434 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  46.29 
 
 		 429 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  45.54 
 
 		 429 aa  332  9e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  42.15 
 
 		 423 aa  331  2e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.95 
 
 		 457 aa  331  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  44.95 
 
 		 421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  42.21 
 
 		 501 aa  307  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  40.36 
 
 		 448 aa  257  3e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  36.49 
 
 		 546 aa  256  4e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  38.6 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  42.05 
 
 		 363 aa  241  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  38.23 
 
 		 437 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  34.22 
 
 		 398 aa  197  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  34.78 
 
 		 460 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  32.7 
 
 		 418 aa  182  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  32.71 
 
 		 396 aa  176  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.15 
 
 		 367 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  32.68 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  32.94 
 
 		 423 aa  168  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  35.6 
 
 		 361 aa  168  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.97 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  33.42 
 
 		 381 aa  167  4e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  32.49 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.1 
 
 		 436 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.58 
 
 		 371 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.33 
 
 		 369 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.89 
 
 		 419 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  31.3 
 
 		 617 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.42 
 
 		 380 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0697  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.83 
 
 		 443 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.42 
 
 		 369 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.38 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.38 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.38 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34 
 
 		 371 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.77 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.83 
 
 		 373 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.71 
 
 		 391 aa  153  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.77 
 
 		 391 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.1 
 
 		 361 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  33.45 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.5 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.5 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.79 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.03 
 
 		 391 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  31.81 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>