226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1270 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  71.93 
 
 		 442 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  71.93 
 
 		 442 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  74.94 
 
 		 437 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 454 aa  922    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  69.6 
 
 		 438 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  68.18 
 
 		 446 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  68.09 
 
 		 446 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  68.9 
 
 		 440 aa  586  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  65.97 
 
 		 435 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  64.72 
 
 		 447 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  65 
 
 		 447 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  64.14 
 
 		 445 aa  561  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  65.39 
 
 		 446 aa  555  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  63.53 
 
 		 447 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  62.41 
 
 		 444 aa  545  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  63.99 
 
 		 461 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  60.42 
 
 		 454 aa  533  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  62.09 
 
 		 452 aa  531  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  58.94 
 
 		 456 aa  524  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  61.43 
 
 		 442 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  59.86 
 
 		 465 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  59.03 
 
 		 448 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  61.48 
 
 		 448 aa  510  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  59.35 
 
 		 438 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  61.69 
 
 		 448 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  61 
 
 		 448 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  58.19 
 
 		 451 aa  452  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  52.93 
 
 		 448 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  51.2 
 
 		 446 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  57.5 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  51.61 
 
 		 525 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  55.5 
 
 		 436 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  52.4 
 
 		 485 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  51.4 
 
 		 436 aa  426  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  50 
 
 		 514 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  52.4 
 
 		 485 aa  425  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  53.64 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  50.47 
 
 		 439 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  53.68 
 
 		 429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  53.32 
 
 		 434 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  50.23 
 
 		 439 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  49.88 
 
 		 430 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  52.67 
 
 		 429 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  50.46 
 
 		 429 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  49.53 
 
 		 430 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  48.02 
 
 		 430 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  48.02 
 
 		 430 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  49.53 
 
 		 430 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  50.25 
 
 		 439 aa  394  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  50.49 
 
 		 422 aa  395  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  50.49 
 
 		 430 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  50.46 
 
 		 429 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  46.29 
 
 		 438 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  45.1 
 
 		 433 aa  389  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.92 
 
 		 420 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.57 
 
 		 433 aa  385  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  50 
 
 		 447 aa  382  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  47.77 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.26 
 
 		 423 aa  375  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  47.39 
 
 		 501 aa  362  1e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  46.52 
 
 		 421 aa  352  1e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  40.19 
 
 		 448 aa  288  2e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  38.42 
 
 		 446 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  35.58 
 
 		 546 aa  240  2.9999999999999997e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  36.08 
 
 		 437 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  35.98 
 
 		 363 aa  208  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  32.27 
 
 		 418 aa  185  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  31.2 
 
 		 460 aa  180  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  29.97 
 
 		 398 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  31.71 
 
 		 396 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.8 
 
 		 361 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.12 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.08 
 
 		 617 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.66 
 
 		 436 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.93 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.93 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.02 
 
 		 361 aa  143  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.82 
 
 		 379 aa  143  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.12 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.65 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.65 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.65 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  27.88 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.14 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  28.22 
 
 		 384 aa  134  3e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  30.9 
 
 		 438 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  29.02 
 
 		 410 aa  134  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  30.79 
 
 		 417 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0311  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.18 
 
 		 425 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal  0.654077 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.12 
 
 		 371 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0619  putative L-sorbosone dehydrogenase  29.14 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  26.25 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.39 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  27.74 
 
 		 423 aa  127  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  31.25 
 
 		 379 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0697  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.76 
 
 		 443 aa  126  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.74 
 
 		 362 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  28.95 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  29.59 
 
 		 642 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>