184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3799 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  99.07 
 
 
429 aa  854    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  80.42 
 
 
429 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 
429 aa  862    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  90.91 
 
 
429 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  69.23 
 
 
457 aa  604  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  69.07 
 
 
434 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  68.93 
 
 
436 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  67.99 
 
 
438 aa  588  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  52.43 
 
 
442 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  53.9 
 
 
435 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  50.47 
 
 
454 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  52.91 
 
 
442 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  50.11 
 
 
444 aa  411  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  52.42 
 
 
446 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  53.53 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  52.68 
 
 
437 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  51.5 
 
 
438 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  54.01 
 
 
447 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  50.23 
 
 
446 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  51.45 
 
 
446 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  52.05 
 
 
440 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  50.61 
 
 
452 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  50.49 
 
 
447 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  48.85 
 
 
465 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  50.46 
 
 
454 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  49.42 
 
 
456 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  52.83 
 
 
447 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  50.71 
 
 
461 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  52.82 
 
 
451 aa  391  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  48.77 
 
 
448 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  50.39 
 
 
439 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  48.77 
 
 
448 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  48.3 
 
 
446 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  47 
 
 
442 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  48.77 
 
 
439 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  48.72 
 
 
433 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  47.95 
 
 
439 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  47.55 
 
 
448 aa  359  4e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  46.36 
 
 
448 aa  359  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  46.59 
 
 
436 aa  354  2e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.61 
 
 
448 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  48.81 
 
 
438 aa  351  1e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  45.65 
 
 
525 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  46.6 
 
 
438 aa  345  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  46.36 
 
 
430 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  44.34 
 
 
514 aa  345  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  45.63 
 
 
430 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  45.43 
 
 
430 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  45.76 
 
 
430 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  44.76 
 
 
430 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  43.96 
 
 
421 aa  341  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  45.76 
 
 
430 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.09 
 
 
420 aa  335  7.999999999999999e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  42.55 
 
 
422 aa  332  6e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  45.1 
 
 
473 aa  332  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  45.54 
 
 
433 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  45.41 
 
 
485 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  45.41 
 
 
485 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.98 
 
 
423 aa  326  5e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  44.29 
 
 
501 aa  306  4.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  44.07 
 
 
447 aa  302  8.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  42.04 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  38.1 
 
 
446 aa  245  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  35.19 
 
 
546 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  36.27 
 
 
437 aa  209  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  35.95 
 
 
363 aa  200  5e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  33.82 
 
 
460 aa  189  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  32.7 
 
 
398 aa  170  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  33.33 
 
 
396 aa  169  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  31.23 
 
 
418 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.97 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.97 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  30.24 
 
 
617 aa  140  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  28.04 
 
 
411 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  29.93 
 
 
423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  28.95 
 
 
410 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.17 
 
 
361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.79 
 
 
388 aa  127  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  28.81 
 
 
423 aa  126  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.72 
 
 
367 aa  126  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  37.61 
 
 
362 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.27 
 
 
424 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  28.69 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.82 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  30.54 
 
 
438 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.74 
 
 
371 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.37 
 
 
427 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.8 
 
 
380 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.37 
 
 
427 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.37 
 
 
427 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.68 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  30.23 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.53 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.27 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.31 
 
 
436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0148  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.83 
 
 
423 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.392107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.87 
 
 
373 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.04 
 
 
419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  29.7 
 
 
389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  29.7 
 
 
372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>