203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6326 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  75.12 
 
 		 438 aa  650    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  75 
 
 		 457 aa  657    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 436 aa  873    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  70.7 
 
 		 434 aa  629  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  71.19 
 
 		 429 aa  621  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  70.33 
 
 		 429 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  69.39 
 
 		 429 aa  597  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  68.93 
 
 		 429 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  59.16 
 
 		 444 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  58.47 
 
 		 438 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  58.62 
 
 		 440 aa  458  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  55.24 
 
 		 456 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  58.42 
 
 		 442 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  57.63 
 
 		 435 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  57.04 
 
 		 442 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  57.77 
 
 		 437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  57.35 
 
 		 447 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  55.24 
 
 		 446 aa  448  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  58.17 
 
 		 447 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  57.21 
 
 		 446 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  57.04 
 
 		 445 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  56.9 
 
 		 446 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  58.52 
 
 		 447 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  54.85 
 
 		 452 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  53.92 
 
 		 454 aa  439  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  55.5 
 
 		 454 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  53.58 
 
 		 448 aa  426  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  56.74 
 
 		 451 aa  422  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  53.12 
 
 		 448 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  51.02 
 
 		 465 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  55.26 
 
 		 439 aa  412  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  54.11 
 
 		 461 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  51.97 
 
 		 448 aa  415  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  53.25 
 
 		 433 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  52.41 
 
 		 448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  51.94 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  51.69 
 
 		 448 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  51.03 
 
 		 446 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  51.35 
 
 		 439 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  50.37 
 
 		 436 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  51.6 
 
 		 439 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  52.45 
 
 		 438 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  51.04 
 
 		 438 aa  382  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  48.82 
 
 		 430 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  48.82 
 
 		 430 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  49.26 
 
 		 430 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  45.74 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  48.56 
 
 		 421 aa  369  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  49.61 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  48.28 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  46.28 
 
 		 430 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.04 
 
 		 433 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  47.7 
 
 		 430 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.6 
 
 		 423 aa  359  5e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  49.14 
 
 		 485 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  49.14 
 
 		 485 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  46.03 
 
 		 525 aa  354  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  45.69 
 
 		 473 aa  352  8e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  45.98 
 
 		 514 aa  352  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  49.39 
 
 		 447 aa  351  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  48.06 
 
 		 501 aa  338  8e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  41.81 
 
 		 448 aa  295  1e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  37.81 
 
 		 446 aa  261  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  39.36 
 
 		 546 aa  254  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  36.68 
 
 		 437 aa  229  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  39.68 
 
 		 363 aa  219  1e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  31.8 
 
 		 418 aa  202  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  33.33 
 
 		 460 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  34.15 
 
 		 398 aa  179  7e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  35.71 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.62 
 
 		 403 aa  161  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.62 
 
 		 403 aa  161  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  28.22 
 
 		 411 aa  150  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  30.37 
 
 		 617 aa  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.14 
 
 		 367 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  30.05 
 
 		 423 aa  143  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.91 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  29.76 
 
 		 410 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.92 
 
 		 361 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.92 
 
 		 438 aa  134  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.03 
 
 		 369 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.44 
 
 		 419 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.3 
 
 		 380 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.19 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.14 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  28.65 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  31.67 
 
 		 389 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  31.67 
 
 		 355 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  31.67 
 
 		 372 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  30.81 
 
 		 423 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  30.65 
 
 		 424 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.41 
 
 		 436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.99 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  27.54 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.28 
 
 		 373 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.61 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.73 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.57 
 
 		 371 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.23 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  32.53 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>