227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1015 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  100 
 
 
438 aa  898    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  63.34 
 
 
420 aa  560  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  61.15 
 
 
433 aa  554  1e-156  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  62.22 
 
 
439 aa  552  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  60.45 
 
 
423 aa  536  1e-151  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  55.2 
 
 
421 aa  484  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  56.86 
 
 
422 aa  467  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  55.01 
 
 
446 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  50.11 
 
 
454 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  53.13 
 
 
448 aa  418  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  51.16 
 
 
442 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  49.44 
 
 
447 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  49.89 
 
 
447 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  48.34 
 
 
437 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  52.34 
 
 
438 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  51.38 
 
 
440 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  49.32 
 
 
446 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  52.08 
 
 
446 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  47.54 
 
 
456 aa  401  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  51.76 
 
 
438 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  48.16 
 
 
444 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  49.05 
 
 
442 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  48.18 
 
 
447 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  51.69 
 
 
461 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  50.25 
 
 
442 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  49.77 
 
 
445 aa  395  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  46.29 
 
 
454 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  46.45 
 
 
435 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  46.65 
 
 
525 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  47.22 
 
 
439 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  47.59 
 
 
439 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  48.52 
 
 
485 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  47.48 
 
 
465 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  48.52 
 
 
485 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  49.34 
 
 
451 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  47.42 
 
 
452 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  51.04 
 
 
436 aa  382  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  49.39 
 
 
448 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  44.9 
 
 
446 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  48.17 
 
 
448 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  49.48 
 
 
457 aa  374  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  44.33 
 
 
448 aa  375  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  48.35 
 
 
514 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  47.43 
 
 
448 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  49.34 
 
 
429 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  43.88 
 
 
436 aa  367  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.3 
 
 
438 aa  364  2e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  48.57 
 
 
429 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  48.57 
 
 
429 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.37 
 
 
448 aa  352  8.999999999999999e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  48.81 
 
 
429 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  43.68 
 
 
434 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  46.57 
 
 
446 aa  348  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  43.78 
 
 
430 aa  342  9e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  43.28 
 
 
430 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  46.83 
 
 
473 aa  340  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  44.37 
 
 
430 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.72 
 
 
433 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  44.1 
 
 
447 aa  333  3e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  43.28 
 
 
430 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  45.64 
 
 
430 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  45.9 
 
 
430 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  43.98 
 
 
546 aa  315  9e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  42.24 
 
 
437 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  41.16 
 
 
501 aa  295  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  43.16 
 
 
363 aa  267  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  37.67 
 
 
418 aa  242  7.999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  37.11 
 
 
410 aa  231  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  36.96 
 
 
396 aa  230  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  34.84 
 
 
411 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  34.96 
 
 
398 aa  213  5.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  34.91 
 
 
460 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  35.98 
 
 
617 aa  202  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.7 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.7 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  34.15 
 
 
379 aa  194  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.17 
 
 
371 aa  194  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.8 
 
 
436 aa  192  8e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  33.07 
 
 
381 aa  189  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  34.29 
 
 
371 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  32.83 
 
 
423 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  37.04 
 
 
391 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  31.61 
 
 
384 aa  173  5e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.78 
 
 
361 aa  170  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.7 
 
 
367 aa  170  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.55 
 
 
466 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.79 
 
 
369 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.79 
 
 
380 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  35.12 
 
 
379 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  37.24 
 
 
377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  35.55 
 
 
394 aa  167  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.52 
 
 
369 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.12 
 
 
379 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  36.64 
 
 
357 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.12 
 
 
379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.22 
 
 
379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  35.99 
 
 
357 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.45 
 
 
371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  35.22 
 
 
419 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  36.01 
 
 
379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>