208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2435 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  100 
 
 		 369 aa  761    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  98.37 
 
 		 369 aa  749    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  98.02 
 
 		 380 aa  720    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  59.44 
 
 		 361 aa  457  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  52.57 
 
 		 371 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  51.37 
 
 		 367 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  49.59 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  46.81 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  47.69 
 
 		 379 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  46.98 
 
 		 362 aa  355  5.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  47.95 
 
 		 381 aa  353  2e-96  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  44.63 
 
 		 371 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  48.18 
 
 		 357 aa  350  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  47.62 
 
 		 357 aa  348  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  45.66 
 
 		 436 aa  343  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  48.41 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  48.12 
 
 		 389 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  48.12 
 
 		 372 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  48.12 
 
 		 355 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  46.78 
 
 		 391 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  46.2 
 
 		 377 aa  331  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  47.66 
 
 		 394 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  47.37 
 
 		 394 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  45.01 
 
 		 371 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.06 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  46.78 
 
 		 379 aa  323  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.78 
 
 		 379 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  43.14 
 
 		 373 aa  322  6e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  45.66 
 
 		 379 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.49 
 
 		 379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  43.7 
 
 		 363 aa  320  3.9999999999999996e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  43.02 
 
 		 363 aa  319  3.9999999999999996e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  46.49 
 
 		 379 aa  319  5e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.49 
 
 		 379 aa  319  5e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  46.55 
 
 		 424 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1425  putative L-sorbosone dehydrogenase  43.94 
 
 		 376 aa  317  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  45.2 
 
 		 466 aa  317  3e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  42.5 
 
 		 388 aa  317  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  44.38 
 
 		 380 aa  316  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2788  NHL repeat-containing protein  47.25 
 
 		 349 aa  315  7e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  42.22 
 
 		 387 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  43.01 
 
 		 642 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.34 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.06 
 
 		 390 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.34 
 
 		 390 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.34 
 
 		 390 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.67 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.67 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  41.37 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  40.77 
 
 		 391 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  40.48 
 
 		 391 aa  292  5e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  39.34 
 
 		 380 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  39.88 
 
 		 386 aa  286  4e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  38.42 
 
 		 394 aa  286  5e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  37.16 
 
 		 391 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  40.79 
 
 		 417 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0311  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  40.79 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal  0.654077 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0619  putative L-sorbosone dehydrogenase  39.38 
 
 		 417 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2546  glucose/sorbosone dehydrogenases  47.25 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.454169  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0920  L-sorbosone dehydrogenase  47.25 
 
 		 316 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  37.82 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  37.6 
 
 		 396 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  36.9 
 
 		 460 aa  232  7.000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1399  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  38.06 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2740  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  37.78 
 
 		 418 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.120744  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0024  hypothetical protein  36.97 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1771  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.22 
 
 		 418 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3094  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  38.73 
 
 		 427 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.379716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0287  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  39.45 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.473358 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  37.79 
 
 		 363 aa  223  4.9999999999999996e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1588  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  37.53 
 
 		 419 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  35.36 
 
 		 398 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1623  L-sorbosone dehydrogenase  38.87 
 
 		 420 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.417413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0496  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  38.89 
 
 		 428 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0409715  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0148  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  35.71 
 
 		 423 aa  216  7e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.392107 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  36.57 
 
 		 411 aa  215  9e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1682  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  38.81 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2082  putative sorbosone/glucose dehydrogenase  36.71 
 
 		 419 aa  209  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3378  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  36.98 
 
 		 422 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  34.87 
 
 		 617 aa  206  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  34.86 
 
 		 410 aa  195  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.59 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.59 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  32.18 
 
 		 423 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  34.83 
 
 		 420 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  36.1 
 
 		 423 aa  177  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  32.76 
 
 		 421 aa  177  4e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  31.61 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  32.88 
 
 		 439 aa  169  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  37.07 
 
 		 448 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  32.29 
 
 		 446 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  32.52 
 
 		 438 aa  167  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  32.36 
 
 		 448 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.35 
 
 		 388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  36.14 
 
 		 448 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  31.01 
 
 		 546 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  31.82 
 
 		 439 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  36.14 
 
 		 448 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.33 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  32.35 
 
 		 408 aa  156  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>