274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3898 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  100 
 
 		 391 aa  808    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  84.25 
 
 		 390 aa  676    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  84.78 
 
 		 391 aa  694    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  84.51 
 
 		 390 aa  677    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  84.78 
 
 		 390 aa  679    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  94.49 
 
 		 391 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  94.49 
 
 		 391 aa  730    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  94.23 
 
 		 391 aa  730    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  84.78 
 
 		 390 aa  679    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  70.93 
 
 		 387 aa  569  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  70.67 
 
 		 373 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  70.11 
 
 		 386 aa  555  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  75.22 
 
 		 388 aa  555  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  66.32 
 
 		 394 aa  544  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  67.21 
 
 		 391 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  70.76 
 
 		 380 aa  527  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  43.75 
 
 		 367 aa  325  7e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  41.35 
 
 		 371 aa  318  9e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  44.08 
 
 		 379 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  43.89 
 
 		 361 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  41.74 
 
 		 381 aa  300  4e-80  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  41.07 
 
 		 369 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  40.56 
 
 		 361 aa  295  9e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  40.43 
 
 		 363 aa  294  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  40.92 
 
 		 371 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  40.77 
 
 		 369 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  40.85 
 
 		 363 aa  292  7e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  40.18 
 
 		 380 aa  291  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  40.11 
 
 		 384 aa  288  8e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  40.16 
 
 		 371 aa  287  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  40.06 
 
 		 362 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.64 
 
 		 436 aa  276  6e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.17 
 
 		 466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  39.04 
 
 		 391 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  39.82 
 
 		 379 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.82 
 
 		 379 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  39.82 
 
 		 379 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  39.41 
 
 		 377 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  40.06 
 
 		 357 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  37.74 
 
 		 380 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.82 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.53 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  37.36 
 
 		 357 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  39.88 
 
 		 419 aa  250  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  39.23 
 
 		 379 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.23 
 
 		 379 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  39.82 
 
 		 394 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2788  NHL repeat-containing protein  37.46 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  36.21 
 
 		 424 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  39.59 
 
 		 389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  39.59 
 
 		 372 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  39.59 
 
 		 355 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1425  putative L-sorbosone dehydrogenase  36.9 
 
 		 376 aa  238  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  38.53 
 
 		 394 aa  235  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  37.54 
 
 		 642 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  37.13 
 
 		 396 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0619  putative L-sorbosone dehydrogenase  34.91 
 
 		 417 aa  222  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  35.21 
 
 		 417 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  35.88 
 
 		 398 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  34.29 
 
 		 363 aa  215  9.999999999999999e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  33.52 
 
 		 460 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  32.75 
 
 		 418 aa  207  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0920  L-sorbosone dehydrogenase  40.37 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0311  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.45 
 
 		 425 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal  0.654077 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2546  glucose/sorbosone dehydrogenases  40.37 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.454169  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0024  hypothetical protein  30.95 
 
 		 379 aa  204  3e-51  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  34.37 
 
 		 617 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  31.88 
 
 		 411 aa  197  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  31.08 
 
 		 423 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.92 
 
 		 403 aa  186  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.92 
 
 		 403 aa  186  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3094  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.28 
 
 		 427 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.379716 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2082  putative sorbosone/glucose dehydrogenase  33.7 
 
 		 419 aa  179  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1588  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  33.52 
 
 		 419 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  28.85 
 
 		 410 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1771  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.52 
 
 		 418 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1399  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.68 
 
 		 418 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.33 
 
 		 388 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2740  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.68 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.120744  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1682  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  33.15 
 
 		 428 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0496  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.96 
 
 		 428 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0409715  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0287  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  31.89 
 
 		 419 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.473358 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3378  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.78 
 
 		 422 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0148  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.2 
 
 		 423 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.392107 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  30.24 
 
 		 408 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  30.94 
 
 		 423 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  30.99 
 
 		 446 aa  160  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  29.08 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  32.81 
 
 		 514 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.77 
 
 		 433 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  29 
 
 		 437 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  29.7 
 
 		 448 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  28.82 
 
 		 546 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1623  L-sorbosone dehydrogenase  30.28 
 
 		 420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.417413 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  31.8 
 
 		 440 aa  146  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  30.91 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  31.1 
 
 		 439 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  31.15 
 
 		 473 aa  144  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  28 
 
 		 442 aa  144  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  27.04 
 
 		 485 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>