252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3326 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  100 
 
 
394 aa  813    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  74.07 
 
 
386 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  67.47 
 
 
391 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  67.69 
 
 
388 aa  541  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.72 
 
 
390 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.43 
 
 
390 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.18 
 
 
391 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.18 
 
 
391 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  65.18 
 
 
391 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  70.88 
 
 
391 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.72 
 
 
390 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  71.72 
 
 
390 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  67.51 
 
 
380 aa  531  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  65.83 
 
 
387 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  68.47 
 
 
373 aa  530  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  60.53 
 
 
391 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  45.22 
 
 
367 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  45.43 
 
 
379 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  45.83 
 
 
361 aa  317  3e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  41.48 
 
 
371 aa  309  4e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  43.4 
 
 
381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  42.54 
 
 
384 aa  302  6.000000000000001e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  42.12 
 
 
371 aa  299  5e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  42.6 
 
 
363 aa  296  6e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  41.46 
 
 
363 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  38.42 
 
 
369 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  38.42 
 
 
369 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  39.29 
 
 
380 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  40.69 
 
 
371 aa  280  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.88 
 
 
436 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  40 
 
 
362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  36.57 
 
 
361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  41.52 
 
 
394 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  40.88 
 
 
377 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  40.24 
 
 
391 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  39.71 
 
 
357 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.06 
 
 
379 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  37.6 
 
 
357 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  40.35 
 
 
379 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  39.77 
 
 
379 aa  263  6e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  38.11 
 
 
466 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  40.7 
 
 
419 aa  259  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.77 
 
 
379 aa  259  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  40.06 
 
 
394 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.2 
 
 
379 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  39.2 
 
 
379 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.2 
 
 
379 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2788  NHL repeat-containing protein  40.12 
 
 
349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  40.18 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  40.18 
 
 
372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  40.18 
 
 
355 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1425  putative L-sorbosone dehydrogenase  39.08 
 
 
376 aa  251  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  36.24 
 
 
380 aa  251  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  38.07 
 
 
424 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0619  putative L-sorbosone dehydrogenase  35.84 
 
 
417 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  37.39 
 
 
396 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0809  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  36.13 
 
 
417 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  37.93 
 
 
398 aa  229  7e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  37.53 
 
 
642 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  36.02 
 
 
363 aa  226  6e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0311  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  35.5 
 
 
425 aa  219  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229371  normal  0.654077 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  34.71 
 
 
418 aa  213  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  34.71 
 
 
460 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2546  glucose/sorbosone dehydrogenases  39.63 
 
 
299 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.454169  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0920  L-sorbosone dehydrogenase  39.63 
 
 
316 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  32.42 
 
 
411 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0024  hypothetical protein  33.07 
 
 
379 aa  198  2.0000000000000003e-49  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.06 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  33.06 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1588  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  35.52 
 
 
419 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3094  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.28 
 
 
427 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.379716 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1682  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  34.45 
 
 
428 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0496  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  33.89 
 
 
428 aa  189  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0409715  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  31.87 
 
 
410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  31.82 
 
 
423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2082  putative sorbosone/glucose dehydrogenase  32.87 
 
 
419 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1771  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.61 
 
 
418 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0287  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  31.81 
 
 
419 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.473358 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3378  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  32.23 
 
 
422 aa  179  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1399  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  33.61 
 
 
418 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2740  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  33.33 
 
 
418 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.120744  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  31.71 
 
 
617 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0148  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  30.7 
 
 
423 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.392107 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1623  L-sorbosone dehydrogenase  30.19 
 
 
420 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.417413 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.45 
 
 
388 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  29 
 
 
437 aa  156  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  28.35 
 
 
408 aa  155  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  31.63 
 
 
423 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  31.19 
 
 
439 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  27.75 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  27.13 
 
 
448 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  28.35 
 
 
434 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  28.69 
 
 
438 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.84 
 
 
433 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  31.31 
 
 
514 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  27.46 
 
 
421 aa  145  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.57 
 
 
420 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  31.4 
 
 
439 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  27.27 
 
 
546 aa  142  7e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  28.22 
 
 
430 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>