198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0511 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 
430 aa  874    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  54.05 
 
 
457 aa  462  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  57.07 
 
 
423 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  50.46 
 
 
434 aa  448  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  50.35 
 
 
577 aa  451  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  50.46 
 
 
601 aa  437  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  53.17 
 
 
587 aa  414  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  49.87 
 
 
427 aa  394  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  45.06 
 
 
437 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  49.39 
 
 
621 aa  391  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.43 
 
 
602 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  47.41 
 
 
548 aa  382  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  46.15 
 
 
436 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.36 
 
 
587 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.58 
 
 
592 aa  351  1e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.81 
 
 
436 aa  168  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  35.04 
 
 
384 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  31.53 
 
 
446 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.45 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  32.82 
 
 
363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  31.3 
 
 
423 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  32.74 
 
 
396 aa  161  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  33.08 
 
 
418 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.68 
 
 
386 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  30.93 
 
 
391 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.86 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.95 
 
 
371 aa  154  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  34.02 
 
 
362 aa  151  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.9 
 
 
617 aa  149  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.37 
 
 
420 aa  149  9e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  30.32 
 
 
381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  31.97 
 
 
394 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  32.23 
 
 
394 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  32.05 
 
 
438 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  29.6 
 
 
411 aa  146  8.000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.61 
 
 
361 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.25 
 
 
391 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.8 
 
 
380 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  30.59 
 
 
363 aa  144  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  30.52 
 
 
410 aa  144  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.44 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  29.82 
 
 
363 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  30.05 
 
 
448 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.26 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.26 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  32.04 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.52 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.31 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  26.76 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.44 
 
 
391 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.68 
 
 
390 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  32.04 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  32.04 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.43 
 
 
391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.18 
 
 
369 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.68 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.43 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.68 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.24 
 
 
391 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  28.22 
 
 
394 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  29.02 
 
 
398 aa  140  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.1 
 
 
369 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  30.77 
 
 
379 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.41 
 
 
357 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.59 
 
 
380 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.46 
 
 
433 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  32.86 
 
 
438 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  31.11 
 
 
379 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.11 
 
 
379 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  30.77 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.1 
 
 
380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.11 
 
 
466 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  29.82 
 
 
377 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.67 
 
 
379 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.24 
 
 
388 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  30.45 
 
 
460 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.67 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  29.95 
 
 
433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  30.15 
 
 
421 aa  134  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.86 
 
 
373 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  29.78 
 
 
430 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  29.78 
 
 
430 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.01 
 
 
387 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  30.51 
 
 
424 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  28.33 
 
 
439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  30.95 
 
 
447 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  29.69 
 
 
442 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  30.02 
 
 
439 aa  130  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.76 
 
 
357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  29.3 
 
 
430 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.85 
 
 
388 aa  127  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  29.23 
 
 
422 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1425  putative L-sorbosone dehydrogenase  30.11 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  28.13 
 
 
430 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.92 
 
 
423 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  28.33 
 
 
473 aa  127  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  30.51 
 
 
437 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.13 
 
 
361 aa  126  9e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  28.67 
 
 
439 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2788  NHL repeat-containing protein  30.33 
 
 
349 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>