More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2442 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  100 
 
 
577 aa  1206    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  61.71 
 
 
587 aa  716    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  71.78 
 
 
601 aa  888    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0511  L-sorbosone dehydrogenase  50.35 
 
 
430 aa  451  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6140  L-sorbosone dehydrogenase  50.48 
 
 
457 aa  413  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.867476  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3647  L-sorbosone dehydrogenase  49.38 
 
 
434 aa  386  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000551723  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  36.02 
 
 
548 aa  373  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  48.15 
 
 
423 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0907  cytochrome c class I  38.95 
 
 
621 aa  350  4e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.433634 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0451  L-sorbosone dehydrogenase  43.09 
 
 
427 aa  333  6e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1904  L-sorbosone dehydrogenase  43.42 
 
 
437 aa  327  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883513  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.23 
 
 
602 aa  324  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3645  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.29 
 
 
592 aa  320  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.683493  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1973  L-sorbosone dehydrogenase  43.72 
 
 
436 aa  319  1e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208265  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.41 
 
 
587 aa  317  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  29.55 
 
 
363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  29.37 
 
 
381 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  28.78 
 
 
617 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.09 
 
 
379 aa  137  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.39 
 
 
380 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  28.88 
 
 
423 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  28.97 
 
 
418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.94 
 
 
436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  28.57 
 
 
446 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  28.61 
 
 
384 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.37 
 
 
373 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.51 
 
 
391 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.4 
 
 
388 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  28.43 
 
 
396 aa  124  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  28.57 
 
 
410 aa  124  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  55.24 
 
 
161 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.04 
 
 
391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  27.92 
 
 
438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.88 
 
 
362 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  27.93 
 
 
398 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.44 
 
 
387 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  27.59 
 
 
411 aa  120  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  29.81 
 
 
448 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.93 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.34 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  28.47 
 
 
448 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.08 
 
 
386 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0787  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.39 
 
 
390 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.187468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  26.85 
 
 
460 aa  117  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3572  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.39 
 
 
390 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.255518  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0819  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.39 
 
 
390 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.450693 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3230  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.43 
 
 
391 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.400562  hitchhiker  0.00000328613 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0759  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.43 
 
 
391 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608473  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.14 
 
 
420 aa  117  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0731  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.17 
 
 
391 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000431529 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  29.19 
 
 
430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0812  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.16 
 
 
390 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.745684  unclonable  0.00000000000358198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  29.19 
 
 
430 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.48 
 
 
377 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  27.05 
 
 
433 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0774  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.34 
 
 
391 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250675  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.76 
 
 
391 aa  115  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  26.72 
 
 
408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0874  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.46 
 
 
357 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159521  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  53.92 
 
 
142 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.42 
 
 
361 aa  114  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  28.28 
 
 
421 aa  113  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0783  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.23 
 
 
466 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.194417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  29.94 
 
 
438 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  25.78 
 
 
439 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  27.53 
 
 
448 aa  111  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  26.34 
 
 
446 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.68 
 
 
369 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.85 
 
 
403 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.85 
 
 
403 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  48.04 
 
 
149 aa  110  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  27.68 
 
 
448 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  29.23 
 
 
456 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  28.07 
 
 
380 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  25.06 
 
 
394 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  32.12 
 
 
422 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  27.48 
 
 
514 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  27.4 
 
 
448 aa  108  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.61 
 
 
423 aa  108  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.32 
 
 
369 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  26.16 
 
 
473 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.6 
 
 
367 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  50.46 
 
 
1068 aa  107  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  28.64 
 
 
430 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  26.07 
 
 
357 aa  107  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  46.6 
 
 
147 aa  107  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  28.71 
 
 
430 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  26.25 
 
 
642 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  40 
 
 
202 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  27.23 
 
 
430 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  28.13 
 
 
445 aa  104  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  26.88 
 
 
430 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  27.02 
 
 
454 aa  103  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  26.95 
 
 
437 aa  103  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  29.1 
 
 
451 aa  103  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  28.82 
 
 
430 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  28.17 
 
 
442 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  28.33 
 
 
446 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  27.27 
 
 
424 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>