229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3613 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 430 aa  875    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  84.19 
 
 		 430 aa  759    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  84.19 
 
 		 430 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  90.93 
 
 		 430 aa  806    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  99.77 
 
 		 430 aa  874    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  93.72 
 
 		 430 aa  803    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  79.08 
 
 		 433 aa  678    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  71.78 
 
 		 473 aa  619  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  56.53 
 
 		 446 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  56.16 
 
 		 446 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  52.87 
 
 		 439 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  52.07 
 
 		 445 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  53.55 
 
 		 444 aa  438  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  53.1 
 
 		 439 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  50.79 
 
 		 442 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  51.54 
 
 		 452 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  49.89 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  51.71 
 
 		 438 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  51.18 
 
 		 435 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  52.97 
 
 		 448 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  52.48 
 
 		 448 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  55.69 
 
 		 485 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  52.19 
 
 		 447 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  52.13 
 
 		 461 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  55.69 
 
 		 485 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  51.96 
 
 		 514 aa  428  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  51.3 
 
 		 446 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  49.77 
 
 		 437 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  51.29 
 
 		 525 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  50.93 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  50.61 
 
 		 454 aa  419  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  50.74 
 
 		 448 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  51.97 
 
 		 456 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  52.67 
 
 		 440 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  51.75 
 
 		 446 aa  415  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  50.71 
 
 		 436 aa  415  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  51.52 
 
 		 447 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  48.74 
 
 		 442 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  49.18 
 
 		 465 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  49.77 
 
 		 438 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  47.58 
 
 		 448 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  49.53 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  53.25 
 
 		 451 aa  391  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.07 
 
 		 448 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  48.82 
 
 		 436 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.84 
 
 		 438 aa  352  8e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  45.81 
 
 		 429 aa  349  5e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  47.15 
 
 		 433 aa  348  9e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  48.26 
 
 		 439 aa  343  4e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  46 
 
 		 429 aa  343  5e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  45.76 
 
 		 429 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.5 
 
 		 457 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  44.09 
 
 		 434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  43.38 
 
 		 420 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  44.74 
 
 		 447 aa  336  5.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  44.86 
 
 		 429 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  43.28 
 
 		 438 aa  332  8e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  43.66 
 
 		 422 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.41 
 
 		 423 aa  318  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  42.96 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  43.15 
 
 		 421 aa  305  1.0000000000000001e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  40.11 
 
 		 448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  37.8 
 
 		 446 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 546 aa  236  8e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  36.67 
 
 		 437 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  39.08 
 
 		 363 aa  220  3.9999999999999997e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  32.49 
 
 		 460 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  32.43 
 
 		 418 aa  177  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  31.09 
 
 		 398 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  33.09 
 
 		 423 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  35.6 
 
 		 379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.79 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.5 
 
 		 361 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  32.53 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  32.03 
 
 		 384 aa  162  9e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  31.44 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  33 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.35 
 
 		 436 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1065  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  32.16 
 
 		 380 aa  158  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1660  L-sorbosone dehydrogenase, putative  35.67 
 
 		 419 aa  156  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.88 
 
 		 371 aa  156  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  33.67 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  33.67 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.67 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.67 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.13 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.33 
 
 		 379 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3557  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.92 
 
 		 380 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.683195  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0944  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  30.05 
 
 		 379 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2235  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.45 
 
 		 379 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.88 
 
 		 361 aa  149  9e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0747  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.84 
 
 		 377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2860  L-sorbosone dehydrogenase  34.33 
 
 		 389 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.597888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2969  hypothetical protein  34.33 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2921  L-sorbosone dehydrogenase  34.33 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.61 
 
 		 403 aa  146  9e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.61 
 
 		 403 aa  146  9e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.72 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  31.3 
 
 		 617 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.58 
 
 		 438 aa  145  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>