194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4899 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  71.88 
 
 
447 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 
447 aa  908    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  71.21 
 
 
447 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  69.76 
 
 
440 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  66.51 
 
 
438 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  66.36 
 
 
446 aa  592  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  67.93 
 
 
446 aa  586  1e-166  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  66.83 
 
 
437 aa  584  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  67.07 
 
 
446 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  65.72 
 
 
435 aa  578  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  65.39 
 
 
442 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  66.19 
 
 
456 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  64.92 
 
 
442 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  65.36 
 
 
445 aa  561  1.0000000000000001e-159  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  62.24 
 
 
442 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  65 
 
 
454 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  62.01 
 
 
454 aa  557  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  61.07 
 
 
444 aa  551  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  62.65 
 
 
448 aa  551  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  61.07 
 
 
465 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  63.17 
 
 
461 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  62.97 
 
 
452 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  61.48 
 
 
438 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  61.56 
 
 
448 aa  523  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  63.04 
 
 
448 aa  521  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  62.32 
 
 
448 aa  518  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  57.49 
 
 
446 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  60.95 
 
 
451 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  57.84 
 
 
485 aa  474  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  57.84 
 
 
485 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  52.94 
 
 
436 aa  456  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  51.14 
 
 
525 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  53.35 
 
 
514 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  57.35 
 
 
436 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  52.66 
 
 
448 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  53.74 
 
 
439 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  53.6 
 
 
439 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  55.85 
 
 
438 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  52.19 
 
 
430 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  52.19 
 
 
430 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  51.96 
 
 
430 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  55.37 
 
 
457 aa  427  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  53.85 
 
 
439 aa  421  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  51.37 
 
 
430 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  52.58 
 
 
433 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  50 
 
 
430 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  48.29 
 
 
433 aa  412  1e-114  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  53.07 
 
 
430 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  52.33 
 
 
434 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  50.61 
 
 
422 aa  410  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  53.17 
 
 
429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  49.16 
 
 
473 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  48.18 
 
 
438 aa  400  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.62 
 
 
420 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  51.58 
 
 
429 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  50.73 
 
 
429 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  50.49 
 
 
429 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  49.28 
 
 
447 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  44.07 
 
 
423 aa  380  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  48.45 
 
 
501 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  48.39 
 
 
421 aa  370  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  42.74 
 
 
448 aa  295  1e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  39.02 
 
 
437 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  37.99 
 
 
446 aa  262  8e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  38.03 
 
 
546 aa  253  6e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  36.83 
 
 
363 aa  203  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  30.17 
 
 
460 aa  189  9e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  35.19 
 
 
418 aa  188  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  32.98 
 
 
398 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  33.51 
 
 
396 aa  176  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  29.8 
 
 
617 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  31.81 
 
 
423 aa  157  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.76 
 
 
403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.76 
 
 
403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.76 
 
 
361 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.29 
 
 
379 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  33.97 
 
 
436 aa  151  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  28.88 
 
 
411 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.85 
 
 
367 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.9 
 
 
371 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  31.38 
 
 
381 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  29.37 
 
 
410 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.53 
 
 
371 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.37 
 
 
361 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.54 
 
 
427 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.54 
 
 
427 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.54 
 
 
427 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.17 
 
 
438 aa  138  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  28.57 
 
 
384 aa  138  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0697  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.87 
 
 
443 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  29.47 
 
 
423 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4182  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  32.56 
 
 
379 aa  136  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0948  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.87 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.168955  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.94 
 
 
369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.01 
 
 
380 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1027  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  30.2 
 
 
379 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0287  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  31.4 
 
 
419 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.473358 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0589  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  31.12 
 
 
379 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1068  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.12 
 
 
379 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310832  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  32.8 
 
 
369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>