209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1949 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3072  putative L-sorbosone dehydrogenase  80.89 
 
 		 429 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.726244  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1949  putative L-sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 429 aa  862    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220876  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3799  putative L-sorbosone dehydrogenase  80.42 
 
 		 429 aa  704    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410038  normal  0.17604 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3908  hypothetical protein  80.42 
 
 		 429 aa  704    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.724834  normal  0.185081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2734  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  72.03 
 
 		 457 aa  630  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0228089  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6326  putative L-sorbosone dehydrogenase  71.19 
 
 		 436 aa  621  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2479  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  70.86 
 
 		 438 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000414902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0504  L-sorbosone dehydrogenase  69.3 
 
 		 434 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3682  L-sorbosone dehydrogenase  56.13 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.548979  hitchhiker  0.00612672 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1723  L-sorbosone dehydrogenase  56.1 
 
 		 435 aa  432  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1707  L-sorbosone dehydrogenase  56.13 
 
 		 442 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2727  L-sorbosone dehydrogenase  52.86 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  55.64 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  50.34 
 
 		 454 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1979  NHL repeat-containing protein  51.15 
 
 		 444 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.902626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3494  L-sorbosone dehydrogenase  52.78 
 
 		 446 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0961281  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  55.15 
 
 		 445 aa  415  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  51.99 
 
 		 446 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  55.04 
 
 		 437 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  50.23 
 
 		 446 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2420  L-sorbosone dehydrogenase  53.41 
 
 		 461 aa  413  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.840322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  51.27 
 
 		 456 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  52.3 
 
 		 452 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  53.3 
 
 		 440 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  54.77 
 
 		 447 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  53.17 
 
 		 447 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1806  L-sorbosone dehydrogenase  52.32 
 
 		 465 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780322  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  50.11 
 
 		 448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  53.68 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  49.89 
 
 		 448 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  53.61 
 
 		 451 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  47.84 
 
 		 448 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1944  L-sorbosone dehydrogenase  49.87 
 
 		 433 aa  385  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358319  normal  0.0404039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  51.44 
 
 		 439 aa  382  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4119  L-sorbosone dehydrogenase  48.31 
 
 		 448 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3787  L-sorbosone dehydrogenase  48.4 
 
 		 436 aa  373  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.510654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0257  putative glucose/sorbosone dehydrogenase; putative peptide signal  47.32 
 
 		 446 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3631  L-sorbosone dehydrogenase  48.07 
 
 		 442 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000516616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  49.34 
 
 		 438 aa  369  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  50.84 
 
 		 448 aa  371  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  47.9 
 
 		 439 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  45.94 
 
 		 439 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2746  L-sorbosone dehydrogenase  48.28 
 
 		 438 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.298612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  44.98 
 
 		 421 aa  359  6e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5064  NHL repeat-containing protein  46.15 
 
 		 422 aa  356  5e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00409782  hitchhiker  0.00484678 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  48.14 
 
 		 433 aa  356  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  46.17 
 
 		 430 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2856  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  47.79 
 
 		 420 aa  355  8.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.656611  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  45.99 
 
 		 525 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  45.1 
 
 		 430 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  45.81 
 
 		 430 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  45.81 
 
 		 430 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  43.72 
 
 		 430 aa  348  7e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0422  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  45.81 
 
 		 423 aa  346  4e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  45.19 
 
 		 430 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  44.65 
 
 		 514 aa  345  8e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  45.66 
 
 		 473 aa  342  9e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  46.23 
 
 		 485 aa  341  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  46.23 
 
 		 485 aa  341  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0709  L-sorbosone dehydrogenase  45.87 
 
 		 447 aa  319  6e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.570753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0129  L-sorbosone dehydrogenase  44.24 
 
 		 501 aa  305  8.000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  40.42 
 
 		 448 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  38.58 
 
 		 446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  37.67 
 
 		 546 aa  242  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  36.8 
 
 		 363 aa  216  9e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  37.78 
 
 		 437 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  33.82 
 
 		 460 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3122  L-sorbosone dehydrogenase  33.69 
 
 		 418 aa  192  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  34.99 
 
 		 398 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3015  oxidoreductase, putative  36.33 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.754871  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.99 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.99 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5288  PEBP family protein  30.32 
 
 		 617 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  28.04 
 
 		 411 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2145  L-sorbosone dehydrogenase  31.5 
 
 		 423 aa  140  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  29.01 
 
 		 367 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2488  glucose sorbosone dehydrogenase  30.41 
 
 		 410 aa  136  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.583653  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  32.29 
 
 		 361 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  29.97 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5447  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  35.06 
 
 		 424 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2003  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.27 
 
 		 436 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.528812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0146  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.45 
 
 		 438 aa  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.699108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0508  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.25 
 
 		 371 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760317  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  29.1 
 
 		 423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  30.16 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.86 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2597  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.63 
 
 		 380 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.733304  hitchhiker  0.000753763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0900  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  27.6 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2505  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  30.25 
 
 		 369 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.867319  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.01 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2435  L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  31.31 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.216598  hitchhiker  0.00191889 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2660  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.63 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0134  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.12 
 
 		 427 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0143  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.12 
 
 		 427 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.689507  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0124  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.12 
 
 		 427 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1726  L-sorbosone dehydrogenase, putative  37.77 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3042  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.29 
 
 		 391 aa  123  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  28.85 
 
 		 387 aa  123  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0287  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.4 
 
 		 419 aa  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.473358 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0148  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  29.09 
 
 		 423 aa  123  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.392107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>