More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1369 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  100 
 
 
161 aa  332  2e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  55.24 
 
 
577 aa  122  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  53.92 
 
 
142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  44.64 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  49.53 
 
 
601 aa  111  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  50.49 
 
 
202 aa  110  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  44.44 
 
 
587 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  38.18 
 
 
205 aa  101  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  44.26 
 
 
222 aa  101  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  40.71 
 
 
479 aa  101  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.95 
 
 
147 aa  100  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  40 
 
 
1068 aa  96.7  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  36.04 
 
 
202 aa  95.5  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  33.8 
 
 
510 aa  94.7  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  43.69 
 
 
203 aa  94.7  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  42.03 
 
 
217 aa  93.2  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  41.9 
 
 
202 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  41.28 
 
 
197 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  39.45 
 
 
499 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  39.45 
 
 
499 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  42.24 
 
 
481 aa  89  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  32 
 
 
150 aa  87.4  7e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  38.94 
 
 
1055 aa  85.5  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.96 
 
 
852 aa  85.1  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  42.2 
 
 
773 aa  85.1  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  38.53 
 
 
762 aa  83.2  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  38.61 
 
 
548 aa  82.8  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  37.31 
 
 
150 aa  80.9  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  33.64 
 
 
516 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  39.09 
 
 
151 aa  79  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  38.39 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  33.65 
 
 
520 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  33.65 
 
 
516 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  40 
 
 
189 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0249  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767699  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  40.35 
 
 
146 aa  76.3  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2461  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0915  cytochrome C  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.136594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  32.76 
 
 
432 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  37.84 
 
 
401 aa  75.5  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  37.84 
 
 
401 aa  75.5  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.6 
 
 
433 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.14 
 
 
450 aa  75.5  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  37.82 
 
 
147 aa  74.7  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  35 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3813  cytochrome c class I  32.37 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.683358 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5226  cytochrome c class I  36.04 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895227  normal  0.936592 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1565  cytochrome c class I  39.47 
 
 
152 aa  73.6  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636901  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  35.51 
 
 
469 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  35.45 
 
 
391 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5058  cytochrome c, class I  35.71 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81836  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3309  cytochrome c, class I  35.71 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.79 
 
 
440 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4993  cytochrome c class I  34.23 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0594408  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  37.32 
 
 
159 aa  72.4  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  34.06 
 
 
419 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4468  cytochrome c, class I  34.23 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.03 
 
 
432 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  31.03 
 
 
432 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0608  cytochrome c family protein  31.9 
 
 
432 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  39.02 
 
 
476 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  36.89 
 
 
473 aa  72  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  33.63 
 
 
158 aa  72  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0605  cytochrome c, class I  34.71 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3584  cytochrome c class I  38.53 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.498131 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3449  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
428 aa  71.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354735  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  40 
 
 
463 aa  71.2  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.03 
 
 
432 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  37.27 
 
 
387 aa  70.9  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.04 
 
 
444 aa  70.5  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  30.17 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  34.23 
 
 
251 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.17 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  30.17 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  36.36 
 
 
669 aa  69.7  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  29.58 
 
 
421 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.17 
 
 
432 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  30.17 
 
 
432 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1350  cytochrome c family protein  36.97 
 
 
430 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.47168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  36.97 
 
 
430 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  33.09 
 
 
437 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35 
 
 
699 aa  68.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.5 
 
 
448 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1356  cytochrome c family protein  36.97 
 
 
430 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0755  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor  37.25 
 
 
438 aa  68.2  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.819139  normal  0.030808 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  35.29 
 
 
156 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2280  cytochrome c, class I  33.6 
 
 
429 aa  68.2  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  35.58 
 
 
377 aa  67.8  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  35.58 
 
 
377 aa  67.8  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  37.29 
 
 
468 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5764  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.23 
 
 
447 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729406  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  27.82 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.793758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>