More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02321 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  100 
 
 		 203 aa  410  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  89.66 
 
 		 202 aa  348  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  59.07 
 
 		 202 aa  222  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  50 
 
 		 202 aa  177  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  45.95 
 
 		 189 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  45.55 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  47.92 
 
 		 197 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  43.09 
 
 		 217 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  49.02 
 
 		 520 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  49.02 
 
 		 516 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  49.02 
 
 		 520 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  48.04 
 
 		 516 aa  105  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  37.5 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  44.12 
 
 		 510 aa  99.8  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  42.16 
 
 		 479 aa  99.8  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  46.96 
 
 		 158 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.6 
 
 		 759 aa  99.4  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  51.06 
 
 		 151 aa  99  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  45.1 
 
 		 499 aa  98.6  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  45.1 
 
 		 499 aa  98.6  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  43.14 
 
 		 577 aa  98.2  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  43.4 
 
 		 161 aa  96.3  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  44.12 
 
 		 601 aa  94  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  39.5 
 
 		 762 aa  93.6  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  41.53 
 
 		 1068 aa  91.3  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 147 aa  90.5  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.59 
 
 		 852 aa  89.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  47.12 
 
 		 146 aa  89  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  34.46 
 
 		 268 aa  88.6  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 391 aa  88.2  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  44.86 
 
 		 1055 aa  88.2  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.05 
 
 		 448 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  37.82 
 
 		 773 aa  87  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.74 
 
 		 147 aa  85.9  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 587 aa  85.5  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  39.22 
 
 		 142 aa  84.7  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  39.68 
 
 		 150 aa  84.7  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 133 aa  84  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  40.2 
 
 		 481 aa  83.2  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  37.59 
 
 		 473 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  38.52 
 
 		 450 aa  83.2  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.9 
 
 		 450 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.48 
 
 		 439 aa  82.4  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  35.44 
 
 		 433 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  34.26 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  41.9 
 
 		 419 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  40.21 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  41.44 
 
 		 470 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.51 
 
 		 433 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  39.01 
 
 		 477 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  36.54 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.96 
 
 		 477 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 463 aa  78.2  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  37.01 
 
 		 438 aa  77.8  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  43.18 
 
 		 405 aa  77.8  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.34 
 
 		 447 aa  77.4  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  40.37 
 
 		 437 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  36.5 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.1 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.14 
 
 		 432 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  40.78 
 
 		 469 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  37.29 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  37.29 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.29 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  38.14 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 432 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  40.54 
 
 		 475 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  41.28 
 
 		 439 aa  76.3  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.14 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.74 
 
 		 469 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.17 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  42.62 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  40.54 
 
 		 475 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.54 
 
 		 475 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  37.29 
 
 		 432 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  38.33 
 
 		 432 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  39.29 
 
 		 439 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.35 
 
 		 575 aa  75.5  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0027  cytochrome c class I  40.19 
 
 		 548 aa  75.1  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.16509  normal  0.0410464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.33 
 
 		 432 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5000  membrane-bound dehydrogenase domain protein  35.51 
 
 		 749 aa  75.1  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.652472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  44 
 
 		 528 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  38.13 
 
 		 417 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  41.28 
 
 		 417 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  44.44 
 
 		 521 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.93 
 
 		 467 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.37 
 
 		 415 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  41.11 
 
 		 356 aa  74.7  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  38.1 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1489  cytochrome C  39.05 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  35.59 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  37.38 
 
 		 468 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.94 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  35.59 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>